STS, 5 de Diciembre de 2013

En el Fundamento de Derecho Segundo de la sentencia impugnada se hace un relato de las actuaciones y resoluciones administrativas desde que, en 26 de abril de 2006, la Inspección de Tributos levantara dos Actas, modelo A02, números 71157512 (ejercicios 2000, 2001 y 2002) y 71157521 (por el ejercicio 2003), a la entidad THOMSON TELECOM ESPAÑA, S.A., por Impuesto de Sociedades y ello en los siguientes términos:

"...En dichas actas, se hace constar en síntesis lo siguiente:

"La actividad principal del sujeto inspeccionado es el comercio al por mayor de aparatos y material electrónico.

Entiende la Inspección que las deducciones por I+D acreditadas en los ejercicios 1996, 1997, 1998 y 1999 y aplicadas en los ejercicios objeto de comprobación son excesivas por resultar que "determinados proyectos acometidos por la empresa no responden al concepto de investigación o desarrollo (art. 33.2), dado que en algunos casos se trata de esfuerzos rutinarios destinados a mejorar la calidad del producto, y en otros de adaptaciones de productos ya existentes a requisitos específicos impuestos por el cliente (art. 33.3), fundamentalmente". Esta misma razón es la que motiva las reducciones practicadas por la Inspección en las deducciones por I+D+i generadas en los ejercicios 2000 a 2002.

Las deducciones declaradas por I+D se reducen así a las cifras siguientes en € (000):

Ded. Declarada Ded. Comprobada

1996 555 92

1997 586 81

1998 570 31

1999 788 354

De otra parte, en acta de conformidad (A-01) se había reducido la deducción declarada en el ejercicio 2000 por I+D+i del importe declarado de 1.204.113,83€ a 250.425,08€.

En consecuencia, en la propuesta de liquidación del ejercicio 2000 se aplican por la Inspección el total importe de las deducciones comprobadas generadas en 1996 a 1999 así como 74.327,27€ de la generada y comprobada en el propio ejercicio 2000. De tal liquidación resulta una cuota 0 al ser el importe de deducciones aplicadas en la regularización igual al aplicado por el inspeccionado.

En el ejercicio 2001:

1- Se incrementa la base imponible declarada en 709.194€, importe de la reserva constituida en concepto de seguro colectivo de los empleados. Con motivo de la enajenación en tal ejercicio por THOMSON (entonces ATLINKS ESPAÑA SA) de su negocio de fabricación a un tercero ajeno al grupo, el comprador se subrogó en las relaciones laborales de THOMSON con los 264 empleados que se transfieren. THOMSON transfirió la reserva por seguro colectivo correspondiente a tales empleados, y, con tal motivo, recuperó los ajustes extracontables positivos realizados en años anteriores a efectos del impuesto por las dotaciones hechas a la reserva. De este modo, THOMSON se dedujo la citada cantidad sin haber imputado fiscalmente la misma a los empleados transferidos con incumplimiento de los arts. 13.3 y 19.5 de la Ley 43/95 .

2- La sociedad se había aplicado deducciones por I+D por importe de 599.214,72€ generadas en 1997 y 1998.

Como consecuencia de la regularización del ejercicio 2000 que agota las deducciones generadas en 1997 y 1998, la Inspección aplica al 2001 una deducción por I+D+i de 525.933,11€, generada en el 2000 hasta 176.097,81€ y en el propio 2001 el resto. (La deducción generada en 2001 declarada ascendía a 981.311,82€ reduciéndose en la comprobación inspectora a 349.835,3€).

Se propone así una cuota impositiva por el ejercicio 2001 de 184.979,16€ e intereses de demora de 33.113,8€.

En el ejercicio 2002 la entidad aplicó una deducción por I+D de 363.940,47€ procedente de 1998 (ya agotada en 2000 como se indica más arriba), cantidad que la Inspección aplica pero tomándola de la generada por I+D+i en el propio 2002, cuyo importe declarado (836.037,16€) reduce la Inspección a 467.711,1€.

La propuesta de liquidación es de cuota 0.

El acta A.02 por el ejercicio 2003, según sus propios términos, "deriva exclusivamente de que las deducciones pendientes por I+D+i varían con respecto las consignadas en el acta A-01 de 2003 (2.107.886,04€), lo que es consecuencia del acta A-02 ejs 2000, 2001 y 2002). No resulta cuota alguna a ingresar.

Se fijan así las deducciones pendientes de aplicación para ejercicios futuros en 351.559,9€, cantidad que se desglosa en:

103.770,63€ procedentes de I+D+i 2002.

151.371,63€ " " 2003.

96.417,64€ procedentes de DID 2003.

Por sendos Acuerdos del jefe de la oficina Técnica de 3 de octubre de 2006, se confirman las propuestas de liquidación contenidas en las actas, de las que únicamente da lugar a deuda tributaria la liquidación del ejercicio 2001.

Contra las liquidaciones interpuso la interesada reclamación económico administrativa ante el TEAC que fue desestimada mediante la resolución del TEAC objeto del presente recurso...".

Conviene dejar reflejado que en la resolución del TEAC, tras poner de relieve que el acuerdo de liquidación era conforme con la doctrina del mismo, reflejadas en las resoluciones de fechas 13 de abril de 2004 y de 27 de febrero de 2006, así como en la sentencia de la Audiencia Nacional de 11 de marzo de 1999 , se argumentaba:

"TERCERO.- Por otro lado, la liquidación se apoya en el art. 106.4 de la Ley 58/03 , a cuyo tenor:

" En aquellos supuestos en que las bases o cuotas compensadas o pendientes de compensación o las deducciones aplicadas o pendientes de aplicación tuviesen su origen en ejercicios prescritos, la procedencia y cuantía de las mismas deberá acreditarse mediante la exhibición de las liquidaciones o autoliquidaciones en que se incluyeron, la contabilidad y los oportunos soportes documentales."

Como señala el acuerdo de liquidación, esta norma carecería de sentido si la Inspección no pudiera comprobar las magnitudes que, procedentes de ejercicios prescritos, son determinantes de la liquidación que se comprueba.

Entiende la reclamante que el artº 106.4 de la Ley 58/03 antes transcrito no resulta aplicable por haberse inspeccionado ejercicios anteriores a la entrada en vigor de la Ley 58/03 y no existir norma paralela en la Ley 230/63.

Sin embargo, iniciadas las actuaciones de comprobación e investigación el 14-9-04, ya en vigor dicha Ley 58/03, ésta es la que rige el procedimiento Inspector conforme a su Disposición Transitoria Tercera . Y encuadrado dicho art. 106.4 en el Cap. II del Tít. III, relativo a las "Normas comunes sobre actuaciones y procedimientos tributarios", entre los que Indudablemente se encuentra el inspector, su aplicabilidad a la inspección realizada es clara.

Además, en el mismo sentido, el art. 70.3 de la vigente LGT establece:

"La obligación de justificar la procedencia de los datos que tengan su origen en operaciones realizadas en periodos impositivos prescritos se mantendrá durante el plazo de prescripción del derecho para determinar las deudas tributarias afectadas por la operación correspondiente."

La representación procesal de THOMSON TELECOM, S.A., interpuso recurso contencioso administrativo contra la resolución dictada por el Tribunal Económico Administrativo Central, de fecha 29 de mayo de 2008, ante la Sala de lo Contencioso Administrativo de la Audiencia Nacional y la Sección Segunda de dicho Organo Jurisdiccional, que lo tramitó con el número 289/2008, dictó sentencia estimatoria, y, en consecuencia, anulatoria de la resolución impugnada.

Como no se conformara con la resolución de referencia, el Abogado del Estado, en la representación que legalmente ostenta de LA ADMINISTRACION GENERAL DEL ESTADO preparó recurso de casación contra la misma y, tras ser tenido por preparado, lo interpuso, por medio de escrito presentado ante este Tribunal en 23 de noviembre de 2011, en el que solicita otra que la anule, desestimando el recurso contencioso administrativo interpuesto ante en la instancia y confirmando la resolución recurrida.

Por Providencia de la Sección Primera de esta Sala, de 12 de enero de 2012 se acordó conceder a las partes un plazo de diez días para que formularan alegaciones acerca de la posible concurrencia de la siguiente causa de inadmisión del recurso: "estar exceptuada del recurso de casación la resolución judicial impugnada por haber recaído en un asunto cuya cuantía no excede de 150.000 euros, excepto en lo referente a la liquidación del Impuesto sobre Sociedades, ejercicio 2001, cuya cuota liquidada asciende a la cantidad de 184.979,16 euros. Téngase en cuenta, que el resto de las cuotas liquidadas ascienden a "0" euros ( arts 86.2b ), 42.1.a ) y 41.3) LJCA )".

Tras formularse alegaciones por ambas partes, recurrente y recurrida, el Auto de la propia Sección Primera de 15 de marzo de 2012 acordó: "Declarar la admisión del recurso de casación interpuesto por el ABOGADO DEL ESTADO contra la Sentencia de 21 de julio de 2011, de la Sala de lo Contencioso-administrativo, Sección 2ª, de la Audiencia Nacional, dictada en el recurso nº 289/2008 en relación con la liquidación del Impuesto sobre Sociedades respecto al ejercicio 2001; y la inadmisión del mismo en relación con los restantes ejercicios, declarando la firmeza de la sentencia recurrida respecto a estos últimos; con remisión de las actuaciones a la Sección Segunda de esta Sala Tercera del Tribunal Supremo, de conformidad con las reglas de reparto".

La fundamentación del Auto es la siguiente:

"PRIMERO.- La Sentencia impugnada estima el recurso contencioso-administrativo interpuesto por la representación procesal de THOMSON TELECOM, S.A. contra el Acuerdo del Tribunal Económico-administrativo Central de 29 de mayo de 2008, que a su vez, desestimó la reclamación económico-administrativa interpuesta por la recurrente contra dos acuerdos del Jefe de la Oficina Técnica de la Dependencia de Control Tributario y Aduanero, de 3 de octubre de 2006, por los que se liquidan respectivamente el Impuesto sobre Sociedades, ejercicios 2000, 2001 y 2002, por importe de 218.092,96 euros y ejercicio 2003, sin deuda tributaria.

SEGUNDO.- El artículo 86.2.b) de la Ley de esta Jurisdicción exceptúa del recurso de casación las sentencias recaídas, cualquiera que fuere la materia, en asuntos cuya cuantía no exceda de 150.000 euros (a salvo el procedimiento especial para la defensa de los derechos fundamentales, que no hace al caso), habiendo dicho esta Sala reiteradamente que es irrelevante, a los efectos de la inadmisión del expresado recurso, que se haya tenido por preparado por la Sala de instancia o que se hubiera ofrecido al tiempo de notificarse la resolución recurrida, siempre que la cuantía litigiosa no supere el límite legalmente establecido ( art. 93.2.a) LRJCA ).

Por su parte, el artículo 41.3 de la Ley de esta Jurisdicción precisa que en los casos de acumulación o de ampliación de pretensiones, tenga lugar en vía administrativa o jurisdiccional, aunque la cuantía del recurso venga determinada por la suma del valor de las pretensiones objeto de aquélla, no comunica a las de cuantía inferior la posibilidad de casación, a lo que debe añadirse que, con arreglo al artículo 42.1.a) de la Ley, para fijar el valor de la pretensión se tendrá en cuenta el débito principal (cuota), pero no los recargos, las costas ni cualquier otra clase de responsabilidad, salvo que cualquiera de éstos fuera de importe superior a aquél. Y ello con relación a cada uno de los distintos impuestos y para cada uno de los ejercicios fiscales a los que la liquidación se refiere.

TERCERO.- En el presente caso, únicamente la liquidación relativa al Impuesto sobre Sociedades del ejercicio 2001, supera el límite legal de 150.000 euros establecidos para acceder al recurso de casación, concretamente la cuota liquidada del referido ejercicio asciende a 184.979,16 euros.

En consecuencia, de conformidad con lo anteriormente expuesto y los arts. 86.2.b ) y 93.2.a) de la ley reguladora de esta jurisdicción , procede declarar la admisión del recurso exclusivamente respecto de dicho ejercicio 2001 e inadmitirlo respeto a los restantes ejercicios. La recurrente en su escrito de alegaciones muestra su conformidad con dicho razonamiento.

No pueden ser acogidas las alegaciones de la parte recurrida con ocasión del trámite de audiencia, en las que se opone a la admisión del recurso de casación, por razón de la cuantía, en relación con la liquidación del Impuesto sobre Sociedades, ejercicio 2001, por no ser momento procesal adecuado, sin perjuicio de lo que se resuelva en sentencia."

La representación procesal de THOMSON TELECOM ESPAÑA, S.A. (actualmente, TECHNICOLOR ENTERTAINMENT SERVICES SPAIN, S.A.), se opuso al recurso de casación mediante escrito presentado en 25 de julio de 2012, en el que solicita se declare no haber lugar al mismo, con imposición de costas procesales a la Administración recurrente.

Señalada para la deliberación, votación y fallo, la audiencia del día cuatro de diciembre de dos mil trece, en dicha fecha tuvo lugar el referido acto procesal.

Siendo Ponente el Excmo. Sr. D. Manuel Martin Timon, Magistrado de la Sala.

Con la advertencia previa de que el Auto de la Sección Primera de esta Sala de 15 de marzo de 2012 ha quedado reducido el ámbito del presente recurso de casación al ejercicio 2001, señalamos que la sentencia impugnada nos dice que la única cuestión que se discutía en el recurso contencioso administrativo, inicialmente planteado, era la de la eventual procedencia de que la Inspección compruebe las deducciones por I+D generadas en ejercicios prescritos (que eran los comprendidos de 1996 a 1999) y que fueron aplicadas en los ejercicios inspeccionados, esto es 2000, 2001, 2002 y 2003.

Como se ha reseñado en los Antecedentes, la respuesta del TEAC tenía carácter afirmativo (y, por tanto, desestimatorio de la reclamación) con base en la regulación contenida en los artículos 70.3 y 106.4 de la Ley 58/2003, de 17 de diciembre, General Tributaria .

Sin embargo, la sentencia de instancia estimó el recurso contencioso administrativo de THOMSON TELECOM, S.A. y anuló la resolución del TEAC y liquidaciones giradas.

En todo caso, debemos llamar la atención acerca de que ahora, el problema no afecta a la compensación de bases imponibles de ejercicios prescritos, sino a las deducciones en cuota pendientes de aplicación, que, en porcentajes diferentes según los casos, se prevén en el artículo 33 de la Ley 43/1995, de 27 de diciembre, del Impuesto de Sociedades , respecto de actividades de investigación científica e innovación tecnológica.

El recurso de casación se articula en dos motivos diferentes, articulados, el primero, con amparo en el artículo 88.1.c) y el segundo, por el cauce de la letra d) del mismo precepto.

En el primero se reprocha a la sentencia incurrir en incongruencia interna, con vulneración de los artículos 9.3 y 24.1 de la Constitución , 218, apartados 1 y 2 de la Ley de Enjuiciamiento Civil y concordantes de la Ley reguladora de esta Jurisdicción.

Se aduce que, tras exponer cual es la cuestión planteada y contraponer los criterios de la resolución administrativa y la demanda, se informa en el FJ 5 acerca de que la Sala se ha pronunciado ya sobre la materia en la sentencia de 2 de febrero de 2011, recurso 478/2007 (lo cual supone un reenvío a la de 16 de diciembre de 2010, dictada en el recurso 366/07, la cual contiene diversos reenvíos a Sentencias de esta Sala y de la propia Audiencia Nacional), destacando respecto de ella:

1. Que no coincide su objeto con el del presente proceso, al enjuiciar la licitud de compensar bases imponibles negativas procedentes de ejercicios prescritos con rentas positivas de los ejercicios regularizados, en los que resultaba de aplicación el artículo 23.5 de la Ley 43/1995 , introducido por la Ley 40/1998, que entró en vigor e 1 de enero de 1999. En cambio, en el presente caso, se trata del aprovechamiento de deducciones de I+D, a las que no resulta de aplicación el indicado precepto.

2. Que confirma (se entiende que la sentencia de 2 de febrero de 2011 ) la actuación administrativa, por no haberse aportado los soportes contables que fueron requeridos por la Inspección, no siendo suficiente a los efectos de la compensación, las declaraciones del Impuesto de Sociedades de los ejercicios prescritos ni la documentación aportada a los efectos de comprobación de IVA que se practicó respecto de dichos ejercicios.

3. Tampoco aplica la sentencia de referencia el artículo 106.4 de la Ley General Tributaria de 2003 , precepto que ni tan siquiera cita y que, por el contrario, constituye el fundamento de la resolución administrativa.

Análogo planteamiento se realiza en el recurso respecto de la invocación por la sentencia impugnada de las dictadas con fecha 26 de mayo de 2011, en los recursos 169 y 292 de 2008 , en que se desestima la posibilidad de compensación de bases imponibles negativas de ejercicios prescritos, confirmándose igualmente la actuación administrativa.

Entiende el Abogado del Estado que la argumentación de la sentencia impugnada, basada en sentencias que admiten la posibilidad de comprobar los soportes documentales en los que el sujeto pasivo fundamenta la existencia de una base imponible negativa, desestimando la pretensión del recurrente, "no se compadece con el sentido del fallo, que invocando dichos pronunciamientos y considerando aplicables esos mismos preceptos legales, estima la pretensión y niega la posibilidad de comprobar bases imponibles negativas".

En el segundo motivo, ya bajo el amparo del artículo 88.1.d) de la L.J.C.A ., se alega infracción de los artículos 106.4 y 70.3 de la Ley 58/2003 , General Tributaria, que quedaron transcritos con anterioridad (Antecedente Primero de esta Sentencia).

En este motivo, se aduce, ante todo, que no resulta aplicable al caso que ha de resolverse la jurisprudencia surgida respecto de la Ley General Tributaria de 1963.

En segundo lugar, y respecto del artículo 106.4 de la Ley 58/2003 , actualmente vigente, se argumenta que la carga de acreditar la procedencia y cuantía de las deducciones aplicadas, procedentes de ejercicios prescritos, se extiende a su fundamento y conformidad a derecho, conclusión que resulta también la que se obtiene de la interpretación del artículo 70.3 de la misma Ley .

Finalmente, se aduce igualmente que los preceptos invocados no suponen ampliación de actuaciones inspectoras a los ejercicios prescritos, siendo conforme con las normas sobre prescripción, así como que la interpretación de ellos es conforme al principio de seguridad jurídica.

La representación de la parte recurrida opone ante todo la inadmisibilidad del recurso de casación por razón de la cuantía, según lo dispuesto en el artículo 86.2.b) de la Ley de esta Jurisdicción .

Subsidiariamente, y en cuanto al primer motivo, se niega la existencia de la incongruencia interna alegada, pues "el hecho de que las Sentencias invocadas puedan concluir desestimando las pretensiones de la parte recurrente no quiere decir que necesariamente deba correrse igual suerte en el presente caso, ya que en las mismas se exponen los hechos propios del caso (los cuales en la mayoría de los supuestos es la causa de la desestimación del recurso) y se desarrollan los argumentos sobre los que se sustenta el Fallo, los cuales avalan el pronunciamiento que ha sido dictado por la Audiencia Nacional en su Sentencia de 21 de julio de 2011 . En concreto, en las Sentencias de 26 de mayo de 2011 se afirma categóricamente, y así se recoge en el propio recurso de casación, que "(...)lo queda terminante (sic) vetado a la Inspección es el modificar o liquidar la deuda tributaria prescrita, pero no el ajustar la contabilidad del sujeto pasivo en la fijación de la nueva deuda tributaria. No se ha de olvidar que estamos ante unos beneficios fiscales de proyección plurianual , lo que obliga al sujeto pasivo, primero, el conservar el soporte documental sobre el que se asienta dicho beneficio, y, segundo, a cumplir con el deber de llevar una contabilidad que refleja la verdadera situación patrimonial financiera y fiscal de la empresa(....)"

En cuanto al segundo motivo, se alega, ante todo, que no es posible en casación realizar una nueva evaluación de los hechos, puesto que el artículo 88.1.d) requiere que el motivo sea la incorrecta aplicación el ordenamiento jurídico. Y tras ello, se pone de relieve que la Administración no cuestionó en ningún momento la acreditación de la procedencia y cuantía de las inversiones y gastos determinantes de las deducciones por actividades de Investigación y Desarrollo, ni tampoco fue objeto de discusión por la Inspección si en los años 1995 a 1999 se había acometido o no diversos proyectos de investigación y desarrollo, ya que lo único que se planteó es si todos los proyectos ejecutados en dichos años respondían al concepto fiscal de "investigación y desarrollo", previsto en la redacción vigente de la normativa reguladora de la citada materia en los ejercicios mencionados. Y frente a ello, la recurrente no entró a discutir en el recurso contencioso administrativo acerca de si el criterio de la Inspección para reducir las deducciones acreditadas por I+D era o no correcto, sino que sostuvo la improcedencia de la regularización llevada a cabo partiendo del argumento que toma por base que, al amparo del instituto de la prescripción no procedía modificar las deducciones aplicadas en una liquidación de un ejercicio no prescrito cuando las mismas tuvieran origen en un ejercicio prescrito, máxime cuando la Inspección dispuso de cuatro años desde la presentación de las correspondientes autoliquidaciones para entrar en el análisis de todos los proyectos de I+D acometidos y su posible acogimiento a la deducción fiscal, sin que se hubiera realizado actuación alguna al respecto.

A partir de lo expuesto, estima la representación procesal de la parte recurrida que, de admitir la argumentación de la recurrente, se estaría quebrantando el instituto de la prescripción, vulnerándose con ello el principio de seguridad jurídica reconocido en el artículo 9.3 de la Constitución , manteniéndose, por el contrario, al igual que la sentencia impugnada, que la interpretación de los artículos 106.4 y 70.3 de la Ley General Tributaria de 2003 no permite que por la Administración se altere el importe de la base imponible de un ejercicio prescrito, de forma que la Administración está impedida para determinar la deuda tributaria que la prescripción dejó firme a todos los efectos tributarios.

Expuestas las posiciones de las partes, y antes de dar respuesta de fondo al recurso de casación, hemos de rechazar la alegación de inadmisibilidad del recurso de casación que se opone por la representación de la parte recurrida.

En efecto, en el Auto de la Sección Primera de esta Sala, de 15 de mazo de 2012, reseñado en los Antecedentes, se declaró la inadmisión del recurso respecto de las liquidaciones de los ejercicios 2000, 2002, y 2003, y la admisión, exclusivamente, respecto de la liquidación del ejercicio 2001, a la vista de que su importe (184.979,16€) superaba el límite mínimo de acceso a la casación, fijado en 150.000€ ( artículos 86.2.b y 93.2.a) de la L.J.C.A ).

Pues bien, en el escrito de oposición al recurso de casación se solicita la declaración de inadmisión del recurso respecto también el ejercicio 2001, por entender que, al no haberse admitido el mismo respecto del ejercicio 2000, la cuota resultante en la liquidación de aquél sería ahora 0.

No se acepta la alegación porque lo que esta Sala ha de enjuiciar es el acto administrativo de liquidación tributaria del ejercicio 2001, cuyo importe, como quedó igualmente reseñado en los Antecedentes, supera el límite previsto en el artículo 86.2.b) de la Ley de esta Jurisdicción para el acceso al recurso de casación ordinario.

Con lo expuesto, podemos ya pasar a dar respuesta a los motivos formulados, pero antes resulta necesario hacer una precisión previa.

En efecto, ante todo, insistiendo en lo que anunciábamos en el Fundamento de Derecho Primero, ha de precisarse que la presente controversia no gira sobre la cuestión de compensación bases negativas de ejercicios prescritos, sino en torno a la aplicación de deducciones en la cuota por inversiones en I+D, previstas en el artículo 33 de la Ley 43/1995, de 27 de diciembre, del Impuesto de Sociedades , que resultaran declaradas y no aplicadas en las declaraciones-liquidaciones de ejercicios también prescritos.

La precisión resulta necesaria, porque así como la compensación de bases negativas de ejercicios prescritos dio lugar a la incorporación de un apartado 5 al artículo 23 de la Ley 43/1995 , por Ley 40/1998, de 9 de diciembre, luego objeto de nueva redacción por Ley 24/2001, de 27 de diciembre, la aplicación de deducción de cuotas de anteriores ejercicios, no mereció la misma atención del legislador hasta la Ley 58/2003, de 17 de diciembre, General Tributaria, que extendió a éstas últimas el régimen de la compensación de bases imponibles, al señalar en el artículo 106.4 : "En aquellos supuestos en que las bases o cuotas compensadas o pendientes de compensación o las deducciones aplicadas o pendientes de aplicación tuviesen su origen en ejercicios prescritos, la procedencia y cuantía de las mismas deberá acreditarse mediante la exhibición de las liquidaciones o autoliquidaciones en que se incluyeron la contabilidad y los oportunos soportes documentales".

Y es que teniendo en cuenta la doctrina que expusimos en la Sentencia de 22 de noviembre de 2012 (recurso de casación número 4073/2011 ), en la que para la aplicación de las modificaciones legislativas había de estarse al momento del nacimiento del derecho (en aquella ocasión, la afloración de bases positivas susceptible de compensación), en el presente caso, la novedad que supone el artículo 106.4 de la Ley General Tributaria , al extender a las deducciones aplicadas o pendientes de aplicación, con origen en ejercicios prescritos, el régimen previsto para las bases compensadas o pendientes de compensación, supone que solamente será efectiva en los ejercicios iniciados a partir de la entrada en vigor de la Ley 58/2003, de 17 de diciembre, General Tributaria, esto es, de 1 de julio de 2004 ( Disposición Final Undécima de dicha Ley ), con las consecuencias que después se señalan.

Pasando por fin a resolver los motivos del recurso, y en relación con el primero de ellos, en el que se imputa a la sentencia incongruencia interna, señalamos que según la de esta Sala de 22 de noviembre de 2005 (recurso de casación 3428/2000 ), "la sentencia debe tener una coherencia interna, ha de observar la necesaria correlación entre la ratio decidendi y lo resuelto en el fallo o parte dispositiva; y, asimismo, ha de reflejar una adecuada conexión entre los hechos admitidos o definidos y los argumentos jurídicos utilizados. Se habla así de un supuesto de incongruencia o de incoherencia interna de la sentencia cuando los fundamentos de su decisión y su fallo resultan contradictorios. Y es que los fundamentos jurídicos y fácticos forman un todo con la parte dispositiva esclareciendo y justificando los pronunciamientos del fallo, y pueden servir para apreciar la incongruencia interna de que se trata cuando son tan contrarios al fallo que éste resulta inexplicable. No obstante, la jurisprudencia de esta Sala ha realizado dos importantes precisiones: la falta de lógica de la sentencia no puede asentarse en la consideración de un razonamiento aislado sino que es preciso tener en cuenta los razonamientos completos de la sentencia; y, tampoco basta para apreciar el defecto de que se trata, cualquier tipo de contradicción sino que es preciso una notoria incompatibilidad entre los argumentos básicos de la sentencia y su parte dispositiva, sin que las argumentaciones obiter dicta, razonamientos supletorios o a mayor abundamiento puedan determinar la incongruencia interna de que se trata."

Pues bien, la sentencia realiza un planteamiento inicial correcto al señalar en el Fundamento de Derecho Tercero que "la única cuestión que se discute en el presente recurso es la eventual procedencia de que la Inspección compruebe las deducciones por I+D generadas en ejercicios prescritos (1996 a 1999) y aplicadas en los ejercicios inspeccionados ( 2000 a 2003)", lo que ratifica en el Fundamento de Derecho Cuarto, al informarnos de que "el criterio de la parte, sin embargo, es que admitida la prescripción del derecho de la Administración para practicar liquidación de los ejercicios 1995, 1996, 1997, 1998 y 1999, la Inspección no debió introducir rectificación respecto a las deducciones declaradas y generadas en dichos ejercicios, al estar los mismos prescritos y haber adquirido firmeza las autoliquidaciones correspondientes".

Posteriormente, y en unos extensos Fundamentos de Derecho Quinto y Sexto, la sentencia transcribe lo que afirma ser criterio de la Sala, expresado en las Sentencias de 2 de febrero y 26 de mayo de 2011 (lo que, a su vez, supone la remisión a otras), referidas todas ellas al problema de la compensación de bases negativas, a cuyo régimen de acreditación solamente se somete a las deducciones en cuota, como acaba de indicarse, a partir de la Ley General Tributaria de 2003.

Por lo que afecta a la sentencia de 2 de febrero de 2011 (recurso contencioso administrativo 478/2007 ), debemos partir de que se declara como hecho a tener en cuenta que "la entidad reconoció que no dispone de contabilidad oficial de esos años y que no se encuentran los soportes contables ni los libros de contabilidad de ejercicios anteriores a 2000, aportando libros de facturas emitidas y recibidas de los ejercicios 1996 a 1999". Y para resolver la controversia acerca de la posibilidad de compensar en ejercicios objeto de regularización ( 2000, 2001, 2002 y 2003), las bases imponibles negativas procedentes de ejercicios prescritos, pone primeramente de relieve que "la Disposición Final Segunda de la Ley 40/1998, de 9 de diciembre , modifica la ley 43/1995 del Impuesto de Sociedades para los ejercicios impositivos iniciados a partir del 1 de enero de 1999 , concretamente los apartados 1 , 3 y 5 del art. 23 cuyo texto es el siguiente:

1. Las bases imponibles negativas podrán ser compensadas con las rentas positivas de los periodos impositivos que concluyan en los diez años inmediatos y sucesivos.

3. Las entidades de nueva creación podrán computar el plazo de compensación a que se refiere el apartado 1 a partir del primer periodo impositivo cuya renta sea positiva.

5. El sujeto pasivo deberá acreditar, en su caso, mediante la exhibición de la contabilidad y los oportunos soportes documentales, la procedencia y cuantía de las bases imponibles negativas cuya compensación pretenda, cualquiera que sea el ejercicio en que se originaron

.

Se añade que similar modificación se contiene en la redacción dada por la Ley 24/2001, cuyo art. 23 dispone:

1. Las bases imponibles negativas que hayan sido objeto de liquidación o autoliquidación podrán ser compensadas con las rentas positivas de los periodos impositivos que concluyan en los quince años inmediatos y sucesivos.

5. El sujeto pasivo deberá acreditar la procedencia y cuantía de las bases imponibles negativas cuya compensación pretenda, mediante la exhibición de la liquidación o autoliquidación, la contabilidad y los oportunos soportes documentales, cualquiera que sea el ejercicio en que se originaron".

Respetuosa la sentencia con el criterio de la Ley, señala que, cuando se pretenden compensar en los ejercicios 2000 a 2003 cuotas negativas procedentes de ejercicios prescritos, el sujeto pasivo ha de acreditar, en su caso, "mediante la exhibición de la contabilidad y los oportunos soportes documentales, la procedencia y cuantía de las bases imponibles negativas cuya compensación pretenda, cualquiera que sea el ejercicio juicio en que se originaron" . Y por lo expuesto, y teniendo en cuenta el hecho probado anteriormente señalado ( no disposición de la contabilidad), la sentencia desestima el motivo de impugnación.

Y respecto de la sentencia de 26 de mayo de 2011 , desestima el motivo, ciertamente, pero siempre a partir de la interpretación que realiza de las facultades correspondientes a la Inspección, según los preceptos indicados, en la interpretación de la Sala de instancia, tal como se recoge en la siguiente argumentación:

"Tras la nueva redacción de los citados artículos de la Ley General Tributaria, en relación con los del Impuesto sobre Sociedades, se ha de indicar que el objeto de la comprobación es el soporte documental en el que el sujeto pasivo fundamenta la existencia de una base imponible negativa.

La Sala entiende que si del resultado de esa comprobación contable se advierte por la Inspección que la cuantía reflejada por el sujeto pasivo en su autoliquidación, cuya deuda tributaria es firme por el instituto de la prescripción, ha sido mal o erróneamente calculada, ello no impide que el importe a compensar en la nueva deuda tributaria, objeto de comprobación y liquidación, pueda ajustarse a la realidad contable una vez subsanada, con la finalidad de que el importe de la deuda tributaria actual quede fijada conforme a los parámetros contables que muestren la realidad de la contabilidad de la sociedad, pues, como hemos declarado, lo que queda terminante vetado a la Inspección es el modificar o liquidar la deuda tributaria prescrita, pero no el ajustar la contabilidad del sujeto pasivo en la fijación de la nueva deuda tributaria. No se ha de olvidar que estamos ante unos beneficios fiscales de proyección plurianual, lo que obliga al sujeto pasivo, primero, el conservar el soporte documental sobre el que se asienta dicho beneficio, y segundo, a cumplir con el deber de llevar una contabilidad que refleje la verdadera situación patrimonial, financiera y fiscal de la empresa. En todos los preceptos antes citados se exige esos deberes contables y fiscales, pues lo que se pretende evitar es que el error contable de una liquidación tributaria prescrita sea arrastrado a lo largo de los ejercicios contables y fiscales siguientes de forma que dicha anomalía les afecte, quedando consagrada e intacta y mediatice las liquidaciones fiscales posteriores manteniéndolas en el incorrecto cálculo contable de las bases prescritas. Piénsese, a modo de ejemplo, en una deducción por adquisición de vivienda, en la que no pueda comprobarse la escritura de préstamo a los efectos de determinar el importe de la deducción, debiéndose mantener y arrastrar el importe erróneamente determinado por el sujeto pasivo en sus primeras autoliquidaciones. En definitiva, de lo que se trata es de fijar el importe de la compensación, cuyo derecho, en principio, no se niega por la Administración.

Por último, procede recordar el requisito que impone la normativa mercantil. Así, el art. 139 , de rúbrica " Obligaciones contables . Facultades de la Administración tributaria", de la Ley 43/195, del Impuesto sobre Sociedades , establece: "1. Los sujetos pasivos de este Impuesto deberán llevar su contabilidad de acuerdo con lo previsto en el Código de Comercio o con lo establecido en las normas por las que se rigen.

2. La Administración tributaria podrá realizar la comprobación e investigación mediante el examen de la contabilidad, libros, correspondencia, documentación y justificantes concernientes a los negocios del sujeto pasivo, incluidos los programas de contabilidad y los archivos y soportes magnéticos. La Administración tributaria podrá analizar directamente la documentación y los demás elementos a que se refiere el párrafo anterior, pudiendo tomar nota por medio de sus agentes de los apuntes contables que se estimen precisos y obtener copia a su cargo, incluso en soportes magnéticos, de cualquiera de los datos o documentos a que se refiere este apartado..

En consecuencia, se desestima el primer motivo de impugnación."

De esta forma, el criterio expuesto, que hay que extraer de la transcripción de sentencias por la Sala, porque ésta no realiza juicio propio sino por vía de remisión, es plenamente congruente con la "ratio decidendi" de la sentencia, contenida en el Fundamento Derecho Séptimo, en el que se dice:

"La aplicación de la doctrina expuesta al presente supuesto, lleva a la Sala a la convicción de que debe anularse la resolución del TEAC, habida cuenta de que, si bien en el momento de inicio de las actuaciones de comprobación, el 14 de septiembre de 2004 ya estaba en vigor la Ley 58/2003, y por ello el art. 106.4 y el 70.3 . , la interpretación de los referidos preceptos que por esta Sala se ha hecho, conforme al criterio contenido en las sentencias de referencia, no permite que por la Administración «se altere el importe de la base imponible de un ejercicio prescrito, de forma que la Administración está impedida para determinar la deuda tributaria que la prescripción dejó firme a todos los efectos tributarios.»

En atención a lo expuesto, considera la Sala que debe estimarse la demanda, por cuanto la Inspección carecía de atribuciones para modificar las bases imponibles respecto de las cuantías de los proyectos de I+D acreditados por la actora en sus liquidaciones de los ejercicios prescritos, entrando a analizar y declarando que dichos proyectos no responden al concepto de investigación o desarrollo, lo que tiene vedado por haber adquirido firmeza en base al instituto de la prescripción, sin perjuicio de las facultades que pudiera tener para solventar errores de cálculo o contables, como en las sentencias transcritas se expone."

Por la razón expuesta, el motivo no puede prosperar.

En lo que respecta al segundo motivo, lo primero que ha de ponerse de manifiesto es que según la resolución del TEAC, cuya postura es mantenida por el Aboado del Estado, el precepto a tener en cuenta en el presente caso -ejercicio 2001, del Impuesto de Sociedades- es el artículo 106.4 de la Ley General Tributaria de 2003 , referido a compensación de bases y cuotas procedentes de ejercicio prescritos, pues "iniciadas las actuaciones de comprobación e investigación el 14-9-04, ya en vigor la Ley 58/03, ésta es la que rige el procedimiento inspector, conforme a su Disposición Transitoria Tercera . Y encuadrado dicho art. 106.4 en el Cap. II del Tit. III, relativo a las "Normas comunes sobre actuaciones y procedimientos tributarios", entre los que indudablemente se encuentra el inspector, su aplicabilidad a la inspección resulta clara" (Fundamento de Derecho Tercero de la Resolución de 29 de mayo de 2008).

Pues bien, esta Sala no comparte tal criterio, pues, insistiendo en lo expuesto en el Fundamento de Derecho Quinto, nuestra doctrina, acerca de la retroactividad o irretroactividad de la norma tributaria y los derechos adquiridos, contenida en la Sentencia de Sentencia de 22 de noviembre de 2012 (recurso de casación número 4073/2011 ), nos lleva a la conclusión de que en el ejercicio 2001, en el que se aplicó la deducción por la recurrente, hay que hacer uso de la legislación en tal momento vigente y ésta, según la precisión realizada en el Fundamento de Derecho Quinto, sólo establecía previsiones en relación con la compensacion de bases negativas procedentes de ejercicios prescritos ( se insiste en que tales previsiones se extendieron a las deducciones en cuota, en el artículo 106.4 de la Ley 58/2003. de 17 de diciembre, General Tributaria ).

De esta forma, en el año 2001, estamos ante a una situación análoga a que se daba respecto de las bases imponibles negativas procedentes de ejercicios prescritos, antes de la entrada en vigor de la Ley 40/1998, de 9 de diciembre, que incorporó el nuevo apartado 5 al artículo 23 de la Ley 43/1995 , y en la que la jurisprudencia de esta Sala entendió que se trataba de bases firmes a todos los efectos y, en consecuencia, susceptibles de compensación en todo caso, en los ejercicios posteriores no prescritos. Por toda ella, se citan las Sentencias de 17 de marzo de 2008 (recurso de casación número 4447/2003 ), 25 de enero de 2010 (recurso de casación número 955/2005 ) y 8 de julio de 2010 (recurso de casación número 4427/2005 ).

La conclusión que ha de alcanzarse es que las cuotas declaradas como deducibles en los ejercicios prescritos (1996, 1997, 1998 y 1999), que tienen carácter firme, han de ser admitidas y respetada su aplicación en el ejercicio al que se refiere el presente recurso de casación (2001), sin que sea de aplicación el artículo 106.4 de la Ley General Tributaria de 2003 .

Por lo expuesto, el motivo tampoco puede prosperar.

La desestimación de los motivos alegados determina la del recurso de casación, lo que ha de hacerse con imposición de costas a la parte recurrente, si bien que la Sala, haciendo uso de la facultad prevista en el artículo 139.3 de la Ley de esta Jurisdicción , limita los derechos de la parte recurrida por este concepto, a la cifra máxima de 6.000 euros.

Por lo expuesto, en nombre de su Majestad el Rey y en el ejercicio de la potestad de juzgar que, emanada del pueblo español, nos confiere la Constitución,