STS 546/2024, 3 de Abril de 2024

Resolución recurrida en casación.

1. Este recurso de casación tiene por objeto la mencionada sentencia dictada el 25 de mayo de 2022 por la Sección Quinta de la Sala de lo Contencioso-Administrativo de la Audiencia Nacional, que desestimó el recurso nº 887/2020, interpuesto contra la resolución del Tribunal Económico Administrativo Central ["TEAC"] de 24 de junio de 2020, desestimatoria, a su vez, de la reclamación económico-administrativa deducida contra el acuerdo de liquidación de 9 de septiembre de 2016 dictado por la Dependencia Regional de Inspección, Delegación Especial de Cataluña, de la Agencia Estatal de Administración Tributaria, por el concepto de Impuesto sobre el Valor Añadido ["IVA"], ejercicio 2007.

La sentencia aquí recurrida tiene una parte dispositiva del siguiente tenor literal:

"FALLAMOS: DESESTIMAR el recurso contencioso administrativo interpuesto por la representación procesal de ERGINEDOM SL, contra la resolución del Tribunal Económico-Administrativo Central de 24 de junio de 2020, desestimatoria de la reclamación económico-administrativa interpuesta contra el acuerdo de liquidación dictado en fecha 9 de septiembre de 2016, por el Impuesto sobre el Valor Añadido, ejercicio 2009, resolución que se confirma por ser ajustada a Derecho.

Con imposición de costas a la parte demandante".

Preparación del recurso de casación.

1. El procurador don Jacobo Gandarillas Martos, en representación de la mercantil Erginedom, SL, bajo la dirección del letrado don Jaume Bonet León, preparó recurso de casación contra la sentencia anteriormente mencionada.

   Tras justificar la concurrencia de los requisitos reglados de plazo, legitimación y recurribilidad de la resolución impugnada, identifica como infringidos:

   (i) La jurisprudencia sentada en las sentencias de la Sala de lo Contencioso-Administrativo del Tribunal Supremo de 23 de junio de 2020 (RCA/5086/2017: ECLI:ES: TS:2020:1878) y 15 de septiembre de 2014 (RCA/3948/2012: ECLI:ES:TS:2014:3728) y el artículo 7.2 del Real Decreto de 24 de julio de 1889 por el que se publica el Código Civil (Gaceta de 25 de julio) ["CC"].

   (ii) Artículos 51 de la Ley 39/2015, de 1 de octubre, de Procedimiento Administrativo Común de las Administraciones Públicas (BOE de 2 de octubre) ["LPACAP"] y 66.3 del Real Decreto 520/2005, de 13 de mayo, por el que se aprueba el Reglamento general de desarrollo de la Ley 58/2003, de 17 de diciembre, General Tributaria, en materia de revisión en vía administrativa (BOE de 27 de mayo) ["RGRVA"].

   (iii) Los artículos 66.a) y 68.1 de la Ley 58/2003, de 17 de diciembre, General Tributaria (BOE de 18 de diciembre) ["LGT"], en relación con los artículos 9.3 y 103.1 de la Constitución española ["CE"].

   (iv) Artículo 17.5 de la Sexta Directiva 77/388/CEE del Consejo, de 17 de mayo de 1977, en materia de armonización de las legislaciones de los Estados Miembros relativas a los impuestos sobre el volumen de negocios - Sistema común del Impuesto sobre el Valor Añadido: base imponible uniforme (DO de 13 de junio) ["Sexta Directiva"].

2. La Sala de instancia, por auto de 16 de noviembre de 2022, tuvo por preparado el recurso de casación, con emplazamiento de las partes ante la Sala Tercera del Tribunal Supremo, habiendo comparecido, de un lado, la representación procesal de la mercantil Erginedom, SL, como parte recurrente, y de otro, el Abogado del Estado, en representación y defensa de la Administración General del Estado, como parte recurrida, dentro del plazo de 30 días señalado en el artículo 89.5 LJCA.

Admisión e interposición del recurso de casación.

1. La Sección Primera de la Sala Tercera del Tribunal Supremo, en auto de 24 de mayo de 2023, apreció que las cuestiones que presentan interés casacional objetivo para la formación de la jurisprudencia consisten en:

   "[...] 1. Determinar si la potestad que la jurisprudencia del Tribunal Supremo reconoce a la Administración tributaria para reiterar una liquidación tras una estimación total por razones sustantivas, permite rectificar los errores cometidos en la primera liquidación tramitando un nuevo procedimiento de comprobación e investigación.

2. Determinar si el principio de conservación de actos y trámites previsto en los artículos 51 de la Ley 39/2015 y 66.3 del RD 520/2005, resulta de aplicación cuando estos se adoptaron en un procedimiento viciado de nulidad desde su inicio y que resultaban ser la esencia de este.

3. Determinar si la excepción jurisprudencial al reconocimiento de efecto interruptivo a la interposición de cualquier clase del artículo 68.1.b) LGT se debe aplicar también en supuestos en los que el contribuyente se ve obligado a recurrir sistemáticamente actos declarados improcedentes por razones sustantivas.

4. Determinar si, en aplicación del artículo 17.5 de la Sexta Directiva del IVA, debe aplicarse la prorrata especial en aquellos casos en que esta se adapta mejor al principio de neutralidad del IVA incluso si el sujeto pasivo ha optado expresamente por la general.

   3. ) Identificar como normas jurídicas que, en principio, habrán de ser objeto de interpretación:

   3.1. La jurisprudencia sentada en las sentencias de la Sala de lo Contencioso-Administrativo del Tribunal Supremo de 23 de junio de 2020 (RCA/5086/2017: ECLI:ES: TS:2020:1878) y 15 de septiembre de 2014 (RCA/3948/2012: ECLI:ES:TS:2014:3728) y el artículo 7.2 del Real Decreto de 24 de julio de 1889 por el que se publica el Código Civil.

   3.2. Artículos 51 de la Ley 39/2015, de 1 de octubre, de Procedimiento Administrativo Común de las Administraciones Públicas y 66.3 del Real Decreto 520/2005, de 13 de mayo, por el que se aprueba el Reglamento general de desarrollo de la Ley 58/2003, de 17 de diciembre, General Tributaria, en materia de revisión en vía administrativa.

   3.3. Los artículos 66.a) y 68.1 de la Ley 58/2003, de 17 de diciembre, General Tributaria, en relación con los artículos 9.3 y 103.1 de la Constitución española.

   3.4. El artículo 17.5 de la Sexta Directiva 77/388/CEE del Consejo, de 17 de mayo de 1977.

   Ello sin perjuicio de que la sentencia haya de extenderse a otras si así lo exigiere el debate finalmente trabado en el recurso, ex artículo 90.4 de la LJCA".

2. El procurador don Jacobo Gandarillas Martos, en la representación ya acreditada de la mercantil Erginedom, SL, bajo la dirección del letrado don Jaume Bonet León, interpuso recurso de casación mediante escrito registrado el 11 de julio de 2023, que observa los requisitos legales y en el que se mencionan como normas jurídicas infringidas las que han quedado citadas más arriba.

   Alega, en primer término, la infracción por la Sala de instancia de la jurisprudencia del Tribunal Supremo sentada en las sentencias de 23 de junio de 2020 (RCA/5086/2017: ECLI:ES: TS:2020:1878) y 15 de septiembre de 2014 (RCA/3948/2012: ECLI:ES:TS:2014:3728) y del artículo 7.2 del Código Civil que, si bien no le resulta desconocida, sin embargo no la aplica y confirma la validez de la 4ª liquidación "[...] acordada tras la completa tramitación de un nuevo procedimiento inspector que tuvo por objeto, precisamente, subsanar los vicios sustantivos cometidos en las 3 precedentes liquidaciones".

   La recurrente sostiene que el criterio de la Sala de instancia -consistente en que la ejecución de la resolución de una reclamación que estima totalmente por razones de fondo se agota con la anulación de la liquidación, lo que permite que se inicie un nuevo procedimiento con la finalidad de subsanar el vicio sustantivo que motivó la estimación de la reclamación previa, aunque eso suponga, de facto, completar el expediente original- infringe el criterio jurisprudencial referido en tanto que supone dejarlo vacío de contenido. En efecto, si en casos de anulación de una liquidación como consecuencia de una estimación total por motivos sustantivos se permitiera iniciar un nuevo procedimiento inspector que complete la instrucción original, estaríamos dejando sin efecto alguno la jurisprudencia que expresamente señala que "la Administración puede dictar, sin tramitar otra vez el procedimiento y sin completar la instrucción pertinente, un nuevo acto ajustado a derecho mientras su potestad esté viva."

   Añade que la actuación de la Administración avalada por la Sala a quo es una inequívoca muestra de abuso de Derecho que no ampara la Ley, como nítidamente nos recuerda el artículo 7.2 CC, puesto que la Inspección abre un nuevo procedimiento inspector para poder completar el expediente y reiterar una liquidación anulada por razones sustantivas, consiguiendo eludir la jurisprudencia de ese TS. Se trata, a su juicio, de un claro ejemplo de vulneración de los principios generales de buena fe y de buena administración, a la vista de la manifiesta falta de diligencia de la Inspección en la tramitación del expediente. Hasta 3 veces ha errado la Inspección en la práctica de la liquidación: dictó una 1ª liquidación declarada improcedente por el TEAR por no quedar acreditada en el expediente la improcedencia de la renuncia a la exención de IVA, dictó dos liquidaciones más (la 2ª y la 3ª) pese a conocer la jurisprudencia de ese TS sobre la improcedencia de retrotraer las actuaciones para subsanar defectos sustantivos -que le puso de manifiesto el TEAC en 2 ocasiones- y, finalmente, buscó de forma contumaz una vía que le permitiera soslayar las consecuencias de la doctrina que deriva de aquella iniciando un nuevo procedimiento inspector.

   Considera que "[...] la respuesta que se debe dar a la primera cuestión con interés casacional es que, ante una estimación total por razones sustantivas -por falta de completitud del expediente-, cabe la reiteración de la liquidación anulada, siempre que el derecho de la Administración tributaria a liquidar subsista y lógicamente por conceptos distintos de los sustantivamente anulados, pero lo que no cabe en ningún caso es completar la instrucción previa en un nuevo procedimiento, porque lo que no resulta posible en una estimación en parte, conforme a la consolidada jurisprudencia de esa Sala, no puede resultar posible en una estimación total, en una interpretación correcta de esa doctrina jurisprudencial". Afirma que, para el caso de que "[...] la Sala considerara que la interpretación jurisprudencial que propone esta parte no es correcta, entendemos que debería matizarse la jurisprudencia de ese TS en virtud de la cual resulta jurídicamente intolerable la actitud contumaz de la Administración y la obstinación en el error por atentar contra su deber de eficacia, impuesto en el artículo 103.1 de la Constitución Española ["CE"], y aclarar si la misma es trasladable a un supuesto en el que la Administración ha dictado hasta 4 liquidaciones en relación con una misma operación como consecuencia de la comisión reiterada de errores imputables a ella".

   En segundo término, alega la infracción de los artículos 51 LPAC y 66.3 RGRVA, que fundamenta en que el principio de conservación de actos y trámites invocado por la sentencia recurrida no resulta aplicable en casos como el que nos ocupa, "[...] en los que i) el acto supuestamente conservado (el informe de la DCGC) resultó incontrovertidamente afectado por la causa que determinó la anulación de las liquidaciones que lo incorporaron (la 2ª y la 3ª liquidación), al ser esta la razón de ser de la retroacción de actuaciones anulada; y ii) el órgano administrativo de revisión que anuló las actuaciones (en este caso, el TEAC) no dispuso la conservación de ningún acto o trámite realizado en el seno de un procedimiento equivocadamente retrotraído".

   Aduce que la conservación de actos y trámites es una figura prevista y regulada tanto en la LGT ( art. 26.5, 104.5 y 166.1 LGT) como en sus reglamentos de desarrollo ( art. 66.3 RGRVA), por lo que no se puede sostener que exista una laguna en la normativa tributaria que habilite la aplicación supletoria del art. 51 LPAC, máxime si entre las normas que prevén dicho principio se encuentra una aplicable a supuestos de anulación total (y parcial) de actos por motivos sustantivos, como es el art. 66.3 RGRVA. Por consiguiente, el art. 51 LPAC no es aplicable en este caso. En segundo término, añade que el art. 66.3 RGRVA, aplicable a supuestos de anulación total o parcial por motivos sustantivos, sí supedita la conservación de actos y trámites a que no estén afectados por la causa de la anulación, precisamente, porque el motivo de la anulación se puede trasladar a (y, con ello, tener un impacto en) las actuaciones realizadas en el procedimiento, a diferencia de lo que ocurre con la caducidad.

   Trasladado al caso que nos ocupa, en el que la razón de ser de la retroacción de las actuaciones declarada improcedente era recabar información y documentación que acreditara el destino previsible del inmueble y el régimen de deducción aplicable, considera evidente que el informe de la DCGC es consustancial a la improcedente retroacción de actuaciones y, con ello, al acto de liquidación que se fundamentó en las conclusiones de ese informe para corregir los defectos sustantivos de la liquidación originaria.

   Afirma que, de convalidarse la interpretación que la Sala a quo hace del art. 66.3 RGRVA, la improcedencia de retrotraer las actuaciones para subsanar defectos sustantivos no tendría efecto alguno -vaciándose así de contenido la jurisprudencia de ese TS que veda esta posibilidad-, puesto que lo no permitido acabaría surtiendo plenos efectos al no impedir el dictado de un nuevo acuerdo de liquidación con sustento en la información recabada en la indebida retroacción.

   Considera que la respuesta que se debe dar a la segunda cuestión con interés casacional es que el principio de conservación de actos y trámites no resulta de aplicación cuando estos se adoptaron en un procedimiento viciado de nulidad desde su inicio y que resultaban ser la esencia de éste y tal consecuencia no se dispuso por el TEAC en sus resoluciones anulatorias. Lo expuesto, a su juicio, debe conducir a la casación de la sentencia recurrida, porque, aun en el caso de que se desestimara el primer motivo (por entender que es posible volver a liquidar mediante reconstrucción del expediente administrativo en un caso como este), de reconocerse la improcedencia de conservar e incorporar al nuevo procedimiento inspector el informe de la DCGC en que se fundamentó el acuerdo de liquidación impugnado, este adolecería del mismo defecto de fundamentación sustantiva apreciado por el TEAR respecto de la 1ª liquidación y por el TEAC respecto de la 2ª y la 3ª y, con ello, aquel también debería ser anulado.

   En tercer lugar, en relación con la infracción del art. 68.1 a) y b) LGT, en conexión con los arts. 9.3 y 103.1 CE, señala que "[...] el derecho de la Administración a liquidar el IVA del ejercicio 2007 había prescrito antes de que se dictara la 4ª liquidación confirmada por la sentencia recurrida, porque, tras la superación del plazo previsto en el artículo 150.5 LGT para dictar la 2ª liquidación, las actuaciones, tanto del contribuyente como de la Administración, tras la retroacción de actuaciones declarada improcedente por 2 veces no podían tener efecto interruptivo del plazo de prescripción".

   Entiende que una interpretación tan literal del art. 68.1 a) y b) LGT, como la que sostiene la Sala a quo, vulnera el principio de buena administración derivado de los arts. 9.3 y 103.1 de la CE. Sostiene que el principio de buena administración ha sido nítidamente incumplido por la Administración en este caso, porque erró hasta 3 veces al liquidar el IVA, todo ello con la única finalidad de corregir los defectos sustantivos padecidos por la 1ª liquidación, en contra de la jurisprudencia de ese TS pues completó el expediente administrativo original, y obligó a esta parte a impugnar 3 liquidaciones (1ª, 2ª y 3ª) y 2 resoluciones del TEAR para conseguir el reconocimiento de su derecho.

   Considera que, en ese contexto, y en aras de salvaguardar el derecho de los contribuyentes a una buena administración, debería resultar de aplicación la jurisprudencia del TS que reconoce la improcedencia de conceder efectos interruptores de la prescripción a los recursos interpuestos por el obligado tributario para obtener una declaración de caducidad y, en aplicación de ese mismo criterio, negar aquí esos mismos efectos interruptores a todas las actuaciones referenciadas. Entiende que la lógica que trasciende a la jurisprudencia que cita -SSTS de 19 de diciembre de 2013 (ES:TS:2013:6459) y de 12 de julio de 2016 (ES:TS:2016:3476), entre otras- debe resultar aplicable no sólo cuando la superación del plazo previsto en la Ley tiene como consecuencia la caducidad de lo actuado, sino también cuando se ha superado el plazo legalmente previsto para ejecutar la retroacción de las actuaciones inspectoras, pues en ambos casos la Ley prevé que no se reconozcan efectos interruptores a todo lo actuado.

   Considera que la respuesta que se debe dar a la tercera cuestión con interés casacional es que la excepción jurisprudencial al reconocimiento de efecto interruptor de la prescripción por la interposición de cualquier clase de recursos del art. 68.1.b) LGT para aquellos supuestos en los que el contribuyente reclama la caducidad, se debe aplicar también cuando el contribuyente se ve obligado a recurrir sistemáticamente actos declarados improcedentes por razones sustantivas, máxime cuando se incumplió el plazo máximo legalmente aplicable para finalizar las actuaciones inspectoras improcedentemente retrotraídas, lo que, en este caso, debe conducir a la casación de la sentencia recurrida.

   En último término, aduce la infracción del art. 17.5 de la Sexta Directiva del IVA al no considerarse de aplicación la prorrata especial, pese a adaptarse mejor al principio de neutralidad del IVA, en un supuesto en el que el sujeto pasivo ha optado expresamente por la prorrata general.

   Afirma que la respuesta que se debe dar a la última cuestión con interés casacional es que, ante supuestos en los que el contribuyente haya optado expresamente por la prorrata general o tácitamente por la prorrata especial, al manifestar en escritura pública de compraventa que tenía derecho a la deducibilidad plena a efectos de la renuncia a la exención del IVA, si la regla de prorrata especial se cohonesta mejor con el principio de neutralidad el IVA esta última debe ser aplicada de oficio por la Administración, en cumplimiento del art. 17.5 de la Sexta Directiva.

   Además, de confirmarse la interpretación sostenida por la Sala a quo, se estaría infringiendo la jurisprudencia del TS que sostiene expresamente en conexión con el IVA "la obligatoriedad de aplicar el principio de la íntegra regularización de la situación tributaria, alcanzando tanto a los aspectos positivos como a los negativos para el obligado tributario". Por lo tanto, en la medida en que la regularización practicada por la Administración debe ser completa, no se puede circunscribir a lo que "beneficie" a sus intereses, debiéndose regularizar igualmente lo que "beneficie" a los intereses del contribuyente, como es la aplicación de la regla de prorrata especial al sector diferenciado de "arrendamientos" por ser esta la que mejor cohonesta con el principio de neutralidad del IVA. Todo ello debe conducir a la casación de la sentencia recurrida.

   Deduce las siguientes pretensiones:

   "[...] Las pretensiones deducidas en el presente recurso de casación se sustentan en que ese TS siente la siguiente jurisprudencia sobre las cuestiones identificadas en el auto de admisión:

   Primera. Ante una estimación total por razones sustantivas cabe la reiteración de la liquidación anulada, siempre que el derecho de la Administración tributaria a liquidar subsista y lógicamente por conceptos distintos de los sustantivamente anulados, pero lo que no cabe en ningún caso es completar la instrucción previa en un nuevo procedimiento de comprobación e investigación -cuando el defecto apreciado sea la incompletitud del expediente-, porque lo que no resulta posible en una estimación en parte, conforme a la consolidada jurisprudencia, no puede resultar posible en una estimación total, en una interpretación correcta de esa doctrina jurisprudencial.

   Segunda. El principio de conservación de actos y trámites no resulta de aplicación cuando estos se adoptaron en un procedimiento viciado de nulidad desde su inicio y que resultaban ser la esencia de éste.

   Tercera. La excepción jurisprudencial al reconocimiento de efecto interruptor de la prescripción a la interposición de cualquier clase de recursos del art. 68.1.b) LGT para aquellos supuestos en los que el contribuyente reclama la caducidad, se debe aplicar también en aquellos supuestos en los que el contribuyente se ve obligado a recurrir sistemáticamente actos declarados improcedentes por razones sustantivas, cuando además se incumplió el plazo máximo legalmente aplicable para finalizar las actuaciones inspectoras improcedentemente retrotraídas previsto en el art. 150.5 LGT.

   Cuarta y última. En aplicación del art. 17.5 de la Sexta Directiva de IVA, se debe aplicar la prorrata especial cuando esta se adapta mejor al principio de neutralidad del IVA incluso si el sujeto pasivo optó expresamente por la prorrata general.

   Partiendo de esas respuestas procedería casar la sentencia recurrida, estimar el recurso contencioso-administrativo y anular la liquidación tributaria por no ser conforme a Derecho, puesto que: i) se habría acordado con infracción de los límites establecidos por la jurisprudencia para la reiteración de actos de liquidación tras una resolución que estima totalmente una reclamación económico-administrativa por razones sustantivas; ii) padecería un defecto sustantivo de falta de motivación del destino previsible del inmueble transmitido por ERGINEDOM y del régimen de deducción aplicable a este; iii) se habría dictado cuando se encontraba prescrito el derecho de la Administración a liquidar el IVA del ejercicio 2007; y iv) no habría considerado la aplicación de la prorrata especial, aun siendo el régimen que mejor se adapta al principio de neutralidad del IVA, y en virtud de la cual debieron entenderse cumplidos los requisitos para aplicar la renuncia a la exención del IVA".

   Termina solicitando a la Sala:

   "[...] dicte sentencia por la que, estimando el recurso, anule la sentencia impugnada, y resolviendo dentro de los términos en que se planteó el debate en la instancia, estime el recurso contencioso-administrativo interpuesto por esta parte contra la resolución del TEAC de fecha 24 de junio de 2020, conforme a lo solicitado en la demanda y, en consecuencia, anule la 4ª liquidación practicada por la Administración Tributaria a ERGINEDOM en concepto de IVA del ejercicio 2007 ".

Oposición del recurso de casación.

El Abogado del Estado, en la representación que legalmente ostenta, emplazado como parte recurrida en este recurso de casación, presentó escrito de oposición fechado el 21 de septiembre de 2023.

Tras hacer una breve referencia a los hechos relevantes del recurso, alega, en relación con la primera de las infracciones denunciadas de contrario, que la doctrina jurisprudencial a matizar, precisar o corregir, conforme al auto de admisión, tiene que ver con la llamada doctrina del doble tiro que, como aquí ha ocurrido, permite el reinicio de las actuaciones anuladas previamente en vía de reclamación económico-administrativa o judicial, salvo en los casos de nulidad de pleno derecho, excepción que no concurre en este caso, pues la resolución económico administrativa que ha dado pie al inicio de las nuevas actuaciones, únicamente acuerda "anular" la liquidación dictada en primer lugar, sin que este extremo resulte discutido. En la resolución del TEAC de 17 de junio de 2014, de la que debemos partir en todo caso, tampoco se ha decretado una retroacción por defectos formales, sino simplemente una anulación total de la liquidación por defectos sustantivos, que fue ejecutada sin más el 14 de enero de 2015, dictándose el oportuno acuerdo que se limita a confirmar la anulación del acuerdo de liquidación de 20 de abril de 2009.

Hace un inciso para dejar sentado que todo lo actuado en ejecución de la resolución del TEAR de 21 de abril de 2011, solicitada por la hoy recurrente, y anulada por la resolución del TEAC de 17 de junio de 2014, quedó sin efecto, no debiendo tenerse presente ya la liquidación girada al respecto por tal, por la resolución del TEAC de 15 de diciembre de 2015, que ninguna influencia tiene por tanto en la problemática que nos ocupa ni siquiera tiene virtualidad interruptiva de la prescripción.

Partiendo, pues, de la anulación total por el TEAC, el 17 de junio de 2014, de la liquidación de 20 de abril de 2009, por motivos sustantivos, la AEAT, el 21 de abril de 2016, inició un nuevo procedimiento de comprobación e inspección, distinto de aquellos que motivaron las liquidaciones anuladas, todo ello de acuerdo con la llamada doctrina jurisprudencial del doble tiro de la que son ejemplo las sentencias de 26 de marzo de 2012 (casación 5827/09 , FJ 4º), 19 de noviembre de 2012 (casación en interés de la ley 1215/11, FJ 4º), 15 de septiembre de 2014 (casación 3948/12, FJ 5º) y 15 de junio de 2015 (rec. 1551/2014), 23 de junio de 2020 c. 5086/2017 y otras dictadas en 2020, todas ellas mencionadas y reproducidas en lo esencial en el auto de admisión.

Afirma que la Administración podía dictar una nueva liquidación y lo hizo, aunque podía no haberlo hecho, si tomamos al pie de la letra la doctrina de esa Sala, incoando un nuevo procedimiento, con la instrucción pertinente y, por supuesto, con audiencia del obligado. El trámite seguido es mucho más garantista y en absoluto puede suponer un óbice procedimental que haga decaer la nueva liquidación dictada. El hecho de que esa Sala haya dicho que puede dictar la nueva liquidación, sin tramitar otra vez el procedimiento y sin completar la instrucción pertinente, no significa, si quiere adecuar plenamente la nueva liquidación al ordenamiento jurídico, que no pueda, si lo considera necesario, incoar un nuevo procedimiento y realizar en el seno del mismo los actos de instrucción pertinente para dictar, como dice esa Sala, un "nuevo acto ajustado a derecho mientras su potestad está viva", evitando así incurrir en el mismo error que motivó la anulación de la primera liquidación.

Ese nuevo procedimiento tiene únicamente como límites, de acuerdo con la doctrina de esa Sala, la prescripción, la reformatio in peius y la reincidencia o contumacia de la Administración en el mismo error, siendo así que ninguno de ellos se ha sobrepasado, pudiendo la Inspección Tributaria, por el principio general de conservación de actos y trámites del artículo 51 de la Ley 39/2015, tener presentes los mismos hechos, conceptos tributarios e igual alcance y extensión que la primitiva.

Destaca, en todo caso, saliendo al paso de lo argumentado de adverso sobre el Informe emitido por la DCGC de la AEAT el 9 de septiembre de 2011, con motivo de la retroacción acordada por el TEAR en su resolución de 21 de abril de 2011, que la decisión administrativa final objeto de este recurso no se fundamenta en el citado Informe, y así lo expresa el acuerdo de liquidación de 12 de septiembre de 2016 (pág. 21).

Sostiene que "[r]econocida por la doctrina de esa Sala que la anulación total de un acto por motivos de fondo, no priva a la Administración tributaria de la posibilidad de practicar una nueva liquidación ajustada a derecho y así subsanar el error cometido (en este caso, la insuficiencia de las pruebas para acreditar que el sujeto pasivo del IVA tenía derecho a renunciar a la exención, que fue la única causa de la anulación de la liquidación originaria), repetimos, no se nos ocurre otra forma de poder ejercer esa potestad y dictar la oportuna liquidación ajustada a derecho que aportar en el nuevo procedimiento de comprobación e investigación que se inicie esos nuevos elementos probatorios que, subsanando el error padecido, han de servir de base a la nueva liquidación".

En relación con la infracción denunciada del artículo 51 de la Ley 39/2015, objeto de la segunda cuestión de interés casacional, afirma que no existe obstáculo legal alguno para que, en el proceso de ejecución del acto anulado que, en el presente caso, ha dado lugar, en aplicación de la doctrina del doble tiro, al inicio de un nuevo procedimiento, puedan tenerse en cuenta, en general, las previsiones de ese artículo 51 de la Ley 39/2015, que consagra el principio de conservación de actos, dado que el artículo 66.2 del RRVA, precepto aplicable a la ejecución de cualquier acto resolutorio de un procedimiento de revisión, entre los que se encuentran las reclamaciones económico administrativas, señala que "En la ejecución de las resoluciones serán de aplicación las normas sobre transmisibilidad, conversión de actos viciados, conservación de actos y trámites y convalidación previstas en las disposiciones generales de derecho administrativo" y en su párrafo 3 que "cuando se resuelva sobre el fondo del asunto y en virtud de ello se anule total o parcialmente el acto impugnado, se conservarán los actos y trámites no afectados por la causa de anulación, con mantenimiento íntegro de su contenido", de aplicación preferente, hace una llamada general, a conservar, en caso de anulación total por razones de fondo, los actos y trámites no afectados por la causa de anulación que aquí realmente no existen, salvo lo que se ha dicho del Informe del DCGC, en el que no se fundamenta en absoluto el acto de liquidación.

En lo referente a la supuesta prescripción del derecho a liquidar el IVA del 2017, y aceptando que los actos de ejecución de la resolución del TEAR de 21 de abril de 2011, en la medida en que dicha resolución fue posteriormente anulada, no interrumpen la prescripción del derecho a liquidar, sostiene "[...] que la prescripción del derecho de la Administración a liquidar del artículo 68.1.b) LGT/2003 en conexión con el artículo 66.a) de la misma, quedó interrumpida desde el momento en que el primer acuerdo de liquidación de 20 de abril de 2009 fue objeto, primero, de reclamación económico administrativa ante el TEAR, que dictó resolución el 21 de abril de 2011 y continuó interrumpida con el recurso de alzada de la obligada y del Director del Departamento de Inspección de la AEAT ante el TEAC y se habría reanudado con la resolución final de este último de 17 de junio de 2014 que, como hemos visto, se ejecutó dentro del plazo de seis meses del artículo 150.5 de la LGT/2003. Posteriormente, como hemos dicho también, la resolución del TEAC de 15 de diciembre de 2015 anuló la resolución del TEAR de 11 de diciembre de 2014, que resolvía sobre el acuerdo dictado en ejecución de la resolución de 21 de abril de 2011, ya anulada. De manera que, cuando en abril de 2016, se comunicó el inicio del procedimiento inspector, el derecho a liquidar del artículo 66 a) LGT/2003, no había prescrito".

Concluye que los únicos actos interruptivos, dictados en un plazo razonable, fueron la reclamación originaria contra el acuerdo de liquidación de 20 de abril de 2009 resuelta por el TEAR el 21 de abril de 2011 y la resolución del TEAC de 17 de junio de 2014, dejando sin efecto la anterior, ejecutada sin duda dentro del plazo del artículo 150.5 LGT/2003.

En último término, respecto de la última cuestión de interés casacional atinente a si en aplicación de la Sexta Directiva del IVA, debe aplicarse la prorrata especial en aquellos casos en que esta se adapta mejor al principio de neutralidad del IVA, incluso si el sujeto pasivo ha optado expresamente por la general, señala que, a la luz del expediente administrativo, el destino previsible y efectivo del inmueble fue su afectación principal a la realización de actividades sujetas y exentas, de manera que su adquisición en ningún caso (incluida la aplicación de la prorrata especial) hubiera podido dar derecho a Caja Duero a la deducción total del impuesto. De esta forma, una eventual aplicación de la regla de la prorrata especial en este caso ni se cohonesta mejor con el principio de neutralidad del IVA ni liberaría totalmente al empresario (aquí, Caja Duero) del IVA soportado en sus actividades económicas.

También desde la perspectiva del principio de neutralidad invocado, debe señalarse que en fecha 29/12/2008 la Hacienda Pública, después de las comprobaciones oportunas, devolvió efectivamente a Caja Duero el importe de la cuota de IVA que Erginedom le había repercutido por esta operación. Contrariamente, pues, a lo que arguye la recurrente (apdo. 71 de su escrito de interposición, pág. 17) estimar el recurso y anular la liquidación representaría un empobrecimiento sin causa y un perjuicio injustificado para el Tesoro Público.

A mayor abundamiento, señala dos cosas. En primer lugar, que si bien la LIVA establece como sistema ordinario o normal la prorrata general, ello no resulta incompatible con la Directiva de IVA, como ha declarado el Tribunal Supremo en sentencia de 24 de febrero de 2011. En segundo lugar, que la elección entre prorrata general y prorrata especial constituye una opción tributaria del sujeto pasivo, por lo que si en el caso controvertido, el obligado tributario (comprador del inmueble) optó por la prorrata general como sistema de deducción de las cuotas soportadas de IVA, no puede la Administración posteriormente obviar la opción tributaria ejercida, pues de otro modo al objeto de comprobar el cumplimiento de los requisitos de la renuncia a la exención, dejaría, de facto, vacía de contenido dicha opción.

Sobre la pretensión formulada de adverso y la correcta interpretación de los preceptos aplicables señala:

"[...] solicitamos a esa Sala, en primer lugar que, interpretando la jurisprudencia y los preceptos y identificados en el auto de admisión y demás considerados aplicables, siente la siguiente doctrina:

- Que la potestad que la jurisprudencia del Tribunal Supremo reconoce a la Administración tributaria para, en aplicación de la llamada doctrina del doble tiro, reitere una liquidación tras una estimación total por razones sustantivas, permite rectificar los errores cometidos en la primera liquidación tramitando un nuevo procedimiento de comprobación e investigación con realización en su caso, para ajustar, como dice la jurisprudencia, la nueva liquidación a derecho, de los actos de instrucción necesarios a tal fin.

- Que, en el nuevo procedimiento que se inicie en aplicación de esa doctrina jurisprudencial, resulta de aplicación el principio de conservación de actos y trámites no afectados por la causa de anulación del acto anulado en el primer procedimiento, de acuerdo con el artículo 66.3 del RRVA, que concreta en el ámbito tributario las previsiones generales al respecto del artículo 51 de la Ley 39/2015.

- Que, la excepción jurisprudencial al reconocimiento de efecto interruptivo a la interposición de cualquier clase del artículo 68.1.b) LGT/2003, en relación a la caducidad, aparte de que, dada su diferente naturaleza, no es trasladable a los supuestos de prescripción, atendiendo a las circunstancias del caso suscitado, no sería siquiera planteable al no poder hablarse en absoluto de un exceso en el cumplimiento de la resolución básica, objeto de ejecución, y de la consiguiente pérdida del efecto interruptivo de la prescripción - ex artículo 150.2.a) LGT/2003 -.

- Que, atendiendo a las circunstancias del caso, en aplicación del artículo 17.5 de la Sexta Directiva del IVA, determine que no debe aplicarse la prorrata especial por cuanto la actuación administrativa ha verificado que el adquirente ni había optado por dicha regla ni cumplía los requisitos legales que impondrían su aplicación (vid. números 1º y 2º, del apartado Dos del art. 103 LIVA) y que, incluso de haber optado por la prorrata especial, es un hecho probado que el inmueble adquirido no se destinó "exclusivamente a la realización de operaciones que originen el derecho a la deducción".

Sobre esa base, declare que no ha lugar al recurso confirmando la sentencia impugnada y con ella la resolución del TEAC recurrida".

Termina solicitando a la Sala que:

"[...] interpretando los artículos y jurisprudencia identificados en el auto de admisión de la forma propuesta en la alegación séptima de este escrito, dicte sentencia por la que lo desestime confirmando la sentencia recurrida."

Vista pública y señalamiento para deliberación, votación y fallo del recurso.

Por providencia de 26 de septiembre de 2023, el recurso quedó concluso y pendiente de votación y fallo, al no haber lugar a la celebración de vista pública por advertir la Sala que no era necesaria atendiendo a la índole del asunto.

Asimismo, por providencia de 18 de diciembre de 2023 se designó ponente a la Excma. Sra. Dª Esperanza Córdoba Castroverde y se señaló para la deliberación, votación y fallo del recurso el 27 de febrero de 2024.

Por providencia de 8 de marzo de 2024 se suspendió el señalamiento, señalándose nuevamente la deliberación votación y fallo del recurso el 19 de marzo de 2024, fecha en la que se deliberó y votó el asunto con el resultado que ahora se expresa.

Objeto del presente recurso de casación y hechos relevantes para su resolución.

1. El objeto de este recurso de casación, desde la perspectiva del interés casacional objetivo para formar jurisprudencia, consiste en determinar, en primer término, si la potestad que la jurisprudencia del Tribunal Supremo reconoce a la Administración tributaria para reiterar una liquidación tras una estimación total por razones sustantivas, permite rectificar los errores cometidos en la primera liquidación tramitando un nuevo procedimiento de comprobación e investigación.

   En segundo término, se ha de precisar si el principio de conservación de actos y trámites previsto en los artículos 51 de la Ley 39/2015 y 66.3 del RD 520/2005, resulta de aplicación cuando estos se adoptaron en un procedimiento viciado de nulidad desde su inicio y que resultaban ser la esencia de este.

   En tercer lugar, determinar si la excepción jurisprudencial al reconocimiento de efecto interruptivo a la interposición de cualquier clase del artículo 68.1.b) LGT se debe aplicar también en supuestos en los que el contribuyente se ve obligado a recurrir sistemáticamente actos declarados improcedentes por razones sustantivas.

   Por último, precisar si en aplicación del artículo 17.5 de la Sexta Directiva del IVA, debe aplicarse la prorrata especial en aquellos casos en que esta se adapta mejor al principio de neutralidad del IVA incluso si el sujeto pasivo ha optado expresamente por la general.

2. Los hechos del litigio que son relevantes para su resolución y que, en esencia, recoge el auto de admisión, sin que resulten controvertidos, son los siguientes:

   2.1. Con fecha 27 de abril de 2006, ERGINEDOM, SL adquirió un inmueble en una operación que quedó sujeta y no exenta del Impuesto sobre el Valor Añadido ["IVA"], porque se produjo la renuncia a la exención por el transmitente en virtud del art. 20.Dos de la Ley 37/1992, de 28 de diciembre, del Impuesto sobre el Valor Añadido ["LIVA"].

   2.2. Mediante escritura pública de 4 de mayo de 2007, ERGINEDOM enajenó a Caja Duero el referido inmueble por un precio de 84.000.000 euros más IVA. En la estipulación tercera de la escritura se estableció que la parte vendedora renunciaba a la exención del IVA contenida en el número 22° del artículo 20. Uno LIVA. Por su parte, la parte compradora declaraba que conocía esa renuncia y hacía constar que era un sujeto pasivo del IVA con derecho a la deducción total de dicho impuesto. En consecuencia, la parte vendedora repercutió a la parte compradora el citado impuesto por importe de 13.440.000 euros, esto es, el 16% del precio de venta del edificio.

   2.3. En 2007, Caja Duero comunicó a la Administración tributaria que había incurrido en un error al manifestar que tenía pleno derecho a la deducción del IVA soportado en la compraventa e inició un procedimiento de devolución de ingresos indebidos, solicitando la devolución del IVA repercutido por ERGINEDOM.

   El procedimiento finalizó con el acuerdo estimatorio de 29 de diciembre de 2008 de devolución de ingresos indebidos a Caja Duero, abonando Hacienda el importe total de las cuotas de IVA repercutidas por ERGINEDOM (13.440.000 euros). Dicho acuerdo fue impugnado por Erginedom ante el TEAR de Cataluña que, en resolución de 4 de marzo de 2011, lo declara extemporáneo.

   2.4. El 20 de junio de 2008, la AEAT inicia actuaciones de comprobación e investigación de carácter parcial en relación con ERGINEDOM, relativas al IVA del ejercicio 2007, dirigidas a verificar la correcta repercusión del IVA en la compraventa del inmueble.

   El procedimiento finalizó mediante acuerdo de liquidación de fecha 20 de abril de 2009, al considerar la Inspección que la entrega del edificio constituía una segunda transmisión sujeta y exenta del Impuesto en virtud de lo dispuesto en el artículo 20. Uno.22° LIVA, sin posibilidad de renunciar a la exención ya que el adquirente no tiene derecho a la deducción de la totalidad del impuesto soportado en la adquisición.

   2.5. Impugnada la liquidación ante el TEAR de Cataluña, dicta resolución el 21 de abril de 2011 por la que estima en parte la reclamación ordenando retrotraer las actuaciones inspectoras "[...] al no quedar acreditado en el expediente que en el momento de la transmisión no se cumplieran los requisitos exigidos para poder renunciar a la exención, ya que de las actuaciones realizadas con posterioridad en aras a comprobar la validez de la misma, no existen elementos objetivos que permitan deducir lo contrario, sin que quede acreditado el destino previsible que CAJA DUERO iba a dar al inmueble dada la contradicción en su actuación, ni los regímenes de deducción aplicables a las actividades desarrolladas".

   Contra esa resolución se formula recurso de alzada ante el TEAC por el obligado tributario y por el Director del Departamento de Inspección de la AEAT.

   2.6. El TEAC, en resolución de 17 de junio de 2014, estimó el recurso de ERGINEDOM, confirmó la falta de acreditación del destino previsible del inmueble y negó que este error sustantivo se pudiera subsanar mediante la retroacción de actuaciones ordenada por el TEAR. El TEAC en el FD Cuarto de su resolución declara:

   "[...] Pues bien, este Tribunal anticipa, por las razones que expondremos a continuación, que a la vista de los datos que obran en el expediente, y dada la complejidad de la operación, la Inspección no ha realizado una labor probatoria suficiente para poder afirmar que la renuncia no se hiciera conforme a derecho, y, en concreto, en qué ámbito de actividad se adquirió el inmueble y el destino previsible del mismo en el momento de su adquisición, ya que, por un lado, existen datos contradictorios que no permiten llegar a la misma conclusión que la alcanzada por la Inspección y por otro, tal y como concluye el Tribunal Regional en su resolución, no resulta acreditado en el expediente que CAJA DUERO no desarrolle ninguna actividad que le permita la deducción del 100% de las cuotas soportadas en la adquisición del edificio.

   (...)

   Por todo lo expuesto, este Tribunal considera que no queda acreditado en el expediente que en el momento de la transmisión no se cumplieran los requisitos exigidos para poder renunciar a la exención, ya que de las actuaciones realizadas con posterioridad en aras a comprobar la validez de la misma, no existen elementos objetivos que permitan deducir lo contrario, sin que quede acreditado el destino previsible que CAJA DUERO iba a dar al inmueble, dada la contradicción en su actuación, ni los regímenes de deducción aplicables a las actividades desarrolladas, que sería la única forma de, objetivamente afirmar que la renuncia no fue válida, por lo que ordena anular la liquidación practicada, sin entrar a conocer del resto de las cuestiones derivadas de dicha liquidación."

   2.7. Con anterioridad a que el TEAC anulara la resolución del TEAR de 21 de abril de 2011, a solicitud de ERGINEDOM, la Inspección retrotrajo las actuaciones y recabó un informe de la Delegación Central de Grandes Contribuyentes de Madrid ["DCGC"] sobre el destino previsible del inmueble y el régimen de deducción aplicable a este. Se dictó un acuerdo de liquidación de 23 de diciembre de 2011, en el que se afirmaba acreditado que el destino previsible al que Caja Duero iba a afectar el inmueble impedía la renuncia a la exención, al no permitir la plena deducción de la cuota de IVA.

   Esta segunda liquidación también fue recurrida por ERGINEDOM ante el TEAR de Cataluña que dictó resolución el 11 de diciembre de 2014, por la que estimó en parte la reclamación, confirmando la cuota y anulando la liquidación de intereses de demora.

   La resolución del TEAR de 11 de diciembre de 2014 también fue recurrida en alzada, pero con anterioridad a que el TEAC resolviera el recurso, la AEAT dictó una nueva liquidación de fecha 14 de septiembre de 2015, en los mismos términos que la anterior, pero ajustando los intereses de demora.

   2.8. La AEAT procedió a ejecutar la resolución del TEAC de 17 de junio de 2014 mediante acuerdo de 14 de enero de 2015, notificado a la recurrente en esa misma fecha. En el acuerdo de ejecución consta que la resolución del TEAC se notificó a la recurrente el 15 de octubre de 2014 y se había remitido al TEAR de Cataluña, a efectos de su ejecución, el 1 de diciembre de 2014. Este acuerdo de ejecución de la resolución del TEAC de 17 de junio de 2014 se limita a confirmar la anulación del acuerdo de liquidación.

   2.9. El TEAC, en resolución de 15 de diciembre de 2015, estimó la segunda alzada formulada por ERGINEDOM y anuló la 2ª y 3ª liquidación dictada, en base a lo resuelto por resolución de 17 de junio de 2014 que había acordado la nulidad de la liquidación por razones sustantivas. Señala en el FD Tercero de esta resolución lo siguiente:

   "[...] "Es decir, la resolución del TEAC de 17 de junio de 2014 estimó las pretensiones del reclamante y acordó que se anulara la liquidación impugnada en relación con el IVA del ejercicio 2007 por razones sustantivas o de derecho, por lo tanto deja sin efecto la resolución del TEAR de Cataluña que ordenaba retrotraer las actuaciones y en cuya virtud se dictó la liquidación impugnada.

   (...)

   Por lo tanto, al dictar el TEAC resolución ordenando anular la liquidación por razones sustantivas o de derecho, deja sin efecto la resolución del TEAR que ordena retrotraer las actuaciones debiendo anularse la liquidación aquí impugnada, todo sin perjuicio de que la Administración pueda dictar un nuevo acto ajustado a derecho mientras su potestad esté viva, es decir, que no haya prescrito el derecho a determinar la deuda tributaria respetando las garantías de los interesados".

   2.10. El 21 de abril de 2016, la AEAT inició un nuevo procedimiento de comprobación e investigación de carácter parcial en relación con ERGINEDOM, limitado a la comprobación de la transmisión del inmueble a Caja Duero el 4 de mayo de 2007, que concluyó con la práctica de un acuerdo de liquidación de 12 de septiembre de 2016, en el que se resuelve que la renuncia de ERGINEDOM no es conforme a Derecho por no cumplir Caja Duero el requisito de tener derecho a la deducción total del IVA soportado.

   2.11. Disconforme con la liquidación, la mercantil dedujo reclamación económico-administrativa ante el TEAC, que fue desestimada por resolución de 24 de junio de 2020.

   2.12. Contra la referida resolución, la representación procesal de ERGINEDOM, S.L. interpuso recurso contencioso-administrativo núm. 887/2020 ante la Sección Quinta de la Sala de lo Contencioso Administrativo de la Audiencia Nacional, que lo desestimó en sentencia de 25 de mayo de 2022, objeto del presente recurso de casación.

Marco normativo de aplicación.

Conforme al auto de admisión, la recurrente plantea la necesidad de interpretar:

(i) La jurisprudencia sentada en las sentencias de la Sala de lo Contencioso-Administrativo del Tribunal Supremo de 23 de junio de 2020 (RCA/5086/2017: ECLI:ES: TS:2020:1878) y 15 de septiembre de 2014 (RCA/3948/2012: ECLI:ES:TS:2014:3728).

(ii) El artículo 7.2 del Código Civil.

(iii) El artículo 51 de la Ley 39/2015, de 1 de octubre, de Procedimiento Administrativo Común de las Administraciones Públicas.

(iv) El artículo 66.3 del Real Decreto 520/2005, de 13 de mayo, por el que se aprueba el Reglamento general de desarrollo de la Ley 58/2003, de 17 de diciembre, General Tributaria, en materia de revisión en vía administrativa.

(v) Los artículos 66.a) y 68.1 de la Ley 58/2003, de 17 de diciembre, General Tributaria, en relación con los artículos 9.3 y 103.1 de la Constitución española.

(vi) El artículo 17.5 de la Sexta Directiva 77/388/CEE del Consejo, de 17 de mayo de 1977.

Primera cuestión de interés casacional.

1. La primera cuestión de interés casacional consiste en determinar si la potestad que la jurisprudencia del Tribunal Supremo reconoce a la Administración tributaria para reiterar una liquidación tras una estimación total por razones sustantivas, permite rectificar los errores cometidos en la primera liquidación tramitando un nuevo procedimiento de comprobación e investigación.

2. Su adecuada solución exige partir, tal y como recoge el auto de admisión, de la jurisprudencia reiterada de esta Sala en torno a la posibilidad de reiterar un acto tributario anulado previamente en vía de reclamación económica- administrativa o judicial, salvo en los casos de nulidad de pleno derecho.

   Así en la sentencia de 29 de junio de 2015 (rec. cas. 723/2014, ES:TS:2015:2875) hemos recordado que, una vez anulada una liquidación tributaria, cabe aprobar otra nueva en su sustitución, si no se ha producido la prescripción, garantizando en todo caso los derechos de defensa del administrado y rehuyendo la reformatio in peius, matizando la sentencia de 15 de junio de 2015 (rec. cas. 1551/2014, ES:TS:2015:2692) la posibilidad de dictar una nueva liquidación en atención a la causa que determina la anulación, de fondo o de forma, de modo que sólo cabe retrotraer actuaciones y practicar nuevas diligencias en el procedimiento para dictar otra liquidación, si la anulación ha tenido lugar por defectos formales que hayan causado indefensión al administrado.

   A su vez, en la sentencia de 29 de septiembre de 2014 (rec. 1014/2013, ECLI:ES:TS:2014:3816) se descartó la posibilidad de retrotraer actuaciones para subsanar vicios sustantivos. Decíamos en ella (FJ 3º):

   "[...] La retroacción de actuaciones no constituye un expediente apto para corregir los defectos sustantivos de la decisión, dando a la Administración la oportunidad de ajustarla al ordenamiento jurídico. Es decir, cabe que, ordenada y subsanada la falla procedimental, se adopte un nuevo acto de contenido distinto a la luz del nuevo acervo alegatorio y fáctico acopiado; precisamente, por ello, se acuerda dar "marcha atrás". Ahora bien, si no ha habido ninguna quiebra formal y la instrucción está completa (o no lo está por causas exclusivamente imputables a la Administración), no cabe retrotraer para que la Inspección rectifique, por ese cauce, la indebida fundamentación jurídica de su decisión."

   Señalábamos también que la imposibilidad de retrotraer las actuaciones, en estos casos, no impide que la Administración dicte una nueva liquidación y precisábamos, al respecto, lo siguiente (FJ 4º):

   "[...] Según hemos indicado en la citada sentencia de 26 de marzo de 2012 (casación 5827/09 , FJ 4º), estableciendo un criterio reiterado en la de 19 de noviembre de 2012 (casación en interés de la ley 1215/11, FJ 4º) y en la de 15 de septiembre de 2014 (casación 3948/12, FJ 5º), el hecho de que no quepa retrotraer las actuaciones cuando la liquidación adolece de un defecto sustantivo, debiendo limitarse el pronunciamiento económico-administrativo a anularla, o a declarar su nulidad de pleno derecho si se encuentra aquejado de alguno de los vicios que la determinan, no trae de suyo que le esté vedado a la Administración aprobar otra liquidación (pueden consultarse en este sentido cuatro sentencias de 14 de junio de 2012, dictadas en los recursos de casación 2413/10, 6386/09, 6219/09 y 5043/09, FJ 3º en los cuatro casos). Como en cualquier otro sector del derecho administrativo, ante tal tesitura, la Administración puede dictar, sin tramitar otra vez el procedimiento y sin completar la instrucción pertinente, un nuevo acto ajustado a derecho mientras su potestad esté viva. Esto es, una vez anulada una liquidación tributaria en la vía económico-administrativa por razones de fondo, le cabe a la Administración liquidar de nuevo, siempre y cuando su potestad no haya prescrito, debiéndose recordar a este respecto nuestra jurisprudencia que niega efectos interruptivos de la prescripción a los actos nulos de pleno derecho [véanse las sentencias de 11 de febrero de 2010 (casación 1707/03 , FJ 4º.C), 20 de enero de 2011 (casación para la unificación de doctrina 120/05, FJ 7 º) y 24 de mayo de 2012 (casación 6449/09 , FJ 5º), ya citadas ut supra]."

   Este criterio ha sido reiterado en otros pronunciamientos posteriores, como sucede en la sentencia de 15 de junio de 2015 (rec. 1551/2014, ECLI:ES:TS:2015:2692), FJ 5º, en la que indicamos:

   "De estas dos ideas surge una conclusión: la Administración puede aprobar una nueva liquidación en sustitución de la anulada, pero no le cabe retrotraer actuaciones salvo en los casos expresados, por lo que, cuando la anulación se debe a razones de fondo, únicamente le resulta posible dictar, sin tramitar otra vez el procedimiento y sin completar la instrucción pertinente, un nuevo acto ajustado a derecho mientras su potestad esté viva."

   Y ello sin olvidar que esta Sala ha establecido unos límites para que la Administración tributaria pueda, una vez anulado un acto, volver a dictar uno nuevo ajustado a Derecho en relación con el mismo asunto. En efecto, en los casos de estimación de un recurso por motivos de carácter material [sentencias núm. 7933/2012, de 19 de noviembre (recurso de casación en interés de ley núm. 1215/2011); núm. 3728/2014, 15 de septiembre (RCA núm. 3948/2012); y núm. 3816/2014, 29 de septiembre (RCUD núm. 1014/2013)], ha rechazado la posibilidad de reiterar el acto administrativo anulado en supuestos de prescripción [v.gr., sentencia de 19 de noviembre de 2012, ya citada, FFJJ 3º, 4º y 5º; núm. 2157/2015, de 5 de mayo ( RCA núm. 2233/2014), FJ 4º; núm. 2692/2015, de 15 de junio ( RCA núm. 1551/2014), FJ 5º, y todas las en ella citadas; de 29 de junio de 2015, FJ 2º; núm. 4391/2015, de 21 de octubre ( RCA núm. 2271/2014), FJ 4º; y núm. 263/2016, de 3 de febrero ( RCA núm. 1746/2014), FJ 3º], por razones de seguridad jurídica; de reformatio in peius [v.gr., sentencias ya mencionadas de 15 de junio de 2015, FJ 5º, y todas las en ella citadas; y de 29 de junio de 2015, FJ 2º], por su incidencia en el derecho a acceder a los recursos que reconoce el artículo 24.1 CE [en este sentido, sentencia núm. 8340/2001, de 27 de octubre (RCA núm. 565/1996), FJ 5º]; de reincidencia o contumacia de la Administración en el error, por salvaguardar los principios de buena fe al que están sujetas las Administraciones públicas, eficacia, seguridad jurídica y proporcionalidad que debe presidir la aplicación del sistema tributario, así como la proscripción del abuso de derecho que dimana del pleno sometimiento de las Administraciones públicas a la ley y al derecho ex artículo 103.1 CE [v.gr., sentencias núms. 2761/2011, 2740/2011 y 2743/2011, todas ellas de 3 de mayo ( RRCA núms. 466/2008, 4723/2009 y 6393/2009), FJ 3º; de 19 de noviembre de 2012, FJ 4º; de 29 de septiembre de 2014, FJ 4º; y núm. 4972/2015, de 12 de noviembre (RCA núm. 149/2014), FJ 4º]; y de duplicidad de sanciones en los casos en que se aprecie la identidad del sujeto, hechos y fundamentos (principio " non bisin ídem "), con la finalidad de evitar una sanción ajena al juicio de proporcionalidad realizado por el legislador [ sentencia de 29 de septiembre de 2014, ya citada, en obiter dicta; y sentencia núm. 5667/2014, de 16 de diciembre (RCA núm. 3611/2013), FJ 5º].

   Ideas que se confirman también, con cita en los anteriores pronunciamientos, en las sentencias de 3 de junio de 2020 (rec. 5020/2017, ECLI:ES:TS:2020:1536), FJ 2º, de 23 de junio de 2020 (rec. 5086/2017, ECLI:ES:TS:2020:1878), FJ 4º y de 22 de diciembre de 2020 (rec. 2931/2018, ECLI:ES:TS:2020:4401), FJ 3º.

3. Una vez recordados los límites que, conforme a la doctrina de esta Sala, tiene la Administración tributaria para dictar una nueva liquidación en el mismo asunto, procede examinar el caso ahora planteado. A tal fin, hay que partir, por no resultar controvertido, que el TEAC en su resolución de 17 de junio de 2014 se limitó a anular la liquidación impugnada -20 de abril de 2009- y no a declararla nula de pleno derecho, al apreciar la existencia de un vicio sustantivo, por lo que no hay duda de que la Administración podía dictar una nueva liquidación.

   Lo relevante, a los efectos ahora examinados, será determinar si para dictar esa nueva liquidación puede la Administración incoar un nuevo procedimiento inspector por el mismo concepto impositivo, IVA de 2017, con el mismo alcance parcial y el mismo objeto, limitado a comprobar la transmisión del inmueble a Caja Duero el 4 de mayo de 2007.

   Sostiene el AE que "[e]l trámite seguido es mucho más garantista y en absoluto puede suponer un óbice procedimental que haga decaer la nueva liquidación dictada".

   Pues bien, la respuesta que debe darse a dicha cuestión nos la proporciona la doctrina jurisprudencial de esta Sala, a la que hemos hecho sucinta referencia, así como otras sentencias dictadas en supuestos de ejecución de sentencia judicial ( STS 23 de junio de 2020, rec. cas.5086/2017), en las que, junto a la anulación por motivos formales, que permite la retroacción de actuaciones, lo que conlleva que deba volverse al procedimiento para que " en este" se subsane el vicio formal, momento en el que debe de continuar el procedimiento dirigido a dictar la liquidación "dentro del plazo que resta", contempla la anulación total por motivos de fondo que comporta el inicio de un nuevo procedimiento de inspección, siempre y cuando no haya prescrito del derecho de la Administración. En estos casos, además, se limitará la ejecución de la resolución económico-administrativa a anular la liquidación.

   Es cierto que esta Sala ha declarado, como se ha expuesto, que si bien la Administración podrá dictar una nueva liquidación, ello será " sin tramitar otra vez el procedimiento y sin completar la instrucción pertinente", lo que en forma alguna significa que no pueda incoar un nuevo procedimiento y realizar en el seno del mismo los actos de instrucción necesarios para dictar finalmente un " nuevo acto ajustado a derecho mientras su potestad está viva", evitando así incurrir en el mismo error que motivó la anulación de la primera liquidación. La adecuada lectura que debe hacerse de dicha expresión es que la Administración no podrá volver sobre el mismo procedimiento y completar en él los actos de instrucción que sean necesarios, pues eso solo le está permitido en supuestos de anulación por vicios formales, pero no cuando la liquidación haya sido anulada por adolecer de un defecto sustantivo, dado que en estos casos no le está vedado a la Administración iniciar un nuevo procedimiento y liquidar de nuevo, con los limites anteriormente referidos.

   Parte la sentencia de instancia de una premisa que esta Sala comparte, como es que el acuerdo de ejecución de la resolución del TEAC de 17 de junio de 2014 se agota con la confirmación de la anulación del acuerdo de liquidación, o lo que es igual, que dicha resolución fue "ejecutada sin más el 14 de enero de 2015, dictándose el oportuno acuerdo que se limita a confirmar la anulación del acuerdo de liquidación de 20 de abril de 2009". En efecto, partiendo de la anulación total por el TEAC, el 17 de junio de 2014, de la liquidación de 20 de abril de 2009, por motivos sustantivos, la AEAT, el 21 de abril de 2016, inició un nuevo procedimiento de comprobación e inspección, distinto de aquel que motivó la liquidación anulada, todo ello de acuerdo con la llamada doctrina jurisprudencial del "doble tiro", en cuyos pronunciamientos esta Sala declaró, como se ha expuesto, que no le está vedado a la Administración aprobar otra liquidación - "(...) el hecho de que no quepa retrotraer las actuaciones cuando la liquidación adolece de un defecto sustantivo, debiendo limitarse el pronunciamiento económico-administrativo a anularla, o a declarar su nulidad de pleno derecho si se encuentra aquejado de alguno de los vicios que la determinan, no trae de suyo que le esté vedado a la Administración aprobar otra liquidación (pueden consultarse en este sentido cuatro sentencias de 14 de junio de 2012, dictadas en los recursos de casación 2413/10 , 6386/09 , 6219/09 y 5043/09 , FJ 3º en los cuatro casos)"-, lo que le habilita para iniciar otro procedimiento de inspección con el mismo objeto y alcance, y dictar otra liquidación en sustitución de la anulada.

   Ahora bien, la nueva liquidación no se girará en ejecución de la resolución económico-administrativa y de lo en ella resuelto (a diferencia de lo que ocurriría si nos encontrásemos ante una anulación parcial), pues encontrándonos ante un vicio sustancial que produce la anulación total de la liquidación impugnada, la ejecución de la resolución del TEAC que así lo declara se "agota" con el acuerdo de la Administración que confirma la anulación de la liquidación -acuerdo de 14 de enero de 2015-. Tal y como ha declarado esta Sala "[...] el pronunciamiento judicial (o económico-administrativo, en su caso) que anula una liquidación tributaria por razones de fondo se agota en la propia decisión anulatoria y en la expulsión del acto anulado del mundo del derecho ", agotándose, por tanto, su acto de ejecución con confirmar la anulación del acuerdo de liquidación, como aquí ha ocurrido.

4. En aplicación de la jurisprudencia expuesta, tras la anulación total de una liquidación tributaria por vicio sustantivo, cabe la práctica de una nueva liquidación iniciándose por la Administración un nuevo procedimiento de inspección, si lo considera necesario, dictándose el nuevo acuerdo de liquidación en el ejercicio de la potestad tributaria que le corresponde, teniendo como límites que su potestad no haya prescrito, la reformatio in peius y la reincidencia o contumacia en el mismo error.

   En relación con el "nuevo" procedimiento inspector, la Sala de instancia en el FD 5º de su sentencia, tras afirmar que " el criterio jurisprudencial de que para dictar la nueva liquidación no quepa retrotraer las actuaciones, ni completar el expediente instruido, no presupone que las nuevas actuaciones inspectoras practicadas en este caso puedan considerarse como complemento a lo ya instruido de modo que haya que acordar la nulidad del procedimiento", recoge que las nuevas actuaciones inspectoras practicadas únicamente han consistido -declaración que no puede ser combatida en casación- en:

   "[...] - la puesta de manifiesto del expediente electrónico que comprende todos los documentos que conforman los dos expedientes anteriores ya tramitados al objeto de que se encuentre a disposición de la sociedad toda la documentación referida a la operación de compraventa del inmueble objeto de las actuaciones,

   - la apertura del trámite de audiencia,

   - el acta de disconformidad y

   - el acuerdo de liquidación".

   Consecuentemente, el nuevo procedimiento tramitado no ha seguido una vía de comprobación totalmente alejada del anterior, sino que se ha limitado a practicar las actuaciones necesarias para dictar otra liquidación en sustitución de la anulada. En suma, no puede admitirse, como esgrime la recurrente, que la actuación de la Administración avalada por la Sala a quo pueda implicar un abuso de Derecho no amparado por la ley, pues se limita a aplicar adecuadamente la jurisprudencia de esta Sala.

5. Tampoco puede aceptarse que se haya sobrepasado el límite atinente a la actuación contumaz de la Administración, que la recurrente fundamenta en que tras haber dictado una primera liquidación -20 de abril de 2009- anulada por el TEAR que ordenó la "retroacción de las actuaciones -al- no quedar acreditado en el expediente que en el momento de la transmisión no se cumplieran los requisitos exigidos para poder renunciar a la exención", dictó dos liquidaciones más (23 de diciembre de 2011 y 14 de septiembre de 2015) "pese a conocer la jurisprudencia de ese TS sobre la improcedencia de retrotraer las actuaciones para subsanar defectos sustantivos -que le puso de manifiesto el TEAC en dos ocasiones- y, finalmente, buscó de forma contumaz una vía que le permitiera evitar soslayar las consecuencias de la doctrina que deriva de aquella iniciando un nuevo procedimiento inspector".

   Pues bien, el límite consistente en la reincidencia o contumacia de la Administración en el mismo error, no ha sido sobrepasado en el caso que se examina toda vez que, como resulta de la relación de hechos recogida en esta resolución, como consecuencia de las actuaciones inspectoras iniciadas en 2008, solo se ha producido realmente una liquidación, la de 20 de abril de 2009, anulada por resolución del TEAC de 17 de junio de 2014, ejecutada por acuerdo de 14 de enero de 2015, y que dio lugar a que por la Administración, de acuerdo con la doctrina del "doble tiro", iniciara el 21 de abril de 2016 un nuevo procedimiento inspector para regularizar el mismo concepto impositivo y periodo -IVA del 2T de 2007-, que culminó en una nueva liquidación de 12 de septiembre de 2016, que se encuentra en el origen de esta casación.

   Es cierto que la AEAT, hallándose pendiente el recurso de alzada interpuesto por el obligado tributario contra la resolución del TEAR de Cataluña de 21 de abril de 2011, procedió a ejecutarla, a solicitud de Erginedom, dictando una liquidación en fecha 23 de diciembre de 2011, que recurrida nuevamente ante el TEAR, fue confirmada en cuanto a la cuota y anulada la liquidación de intereses, dando lugar a una nueva liquidación de 14 de septiembre de 2015, siendo ambas liquidaciones posteriormente anuladas por resolución del TEAC de 15 de diciembre de 2015, en base a lo resuelto en acuerdo de 17 de junio de 2014, que había dispuesto la nulidad de la liquidación por razones sustantivas. Ahora bien, estas dos liquidaciones no son demostrativas de una actitud contumaz de la Administración, pues se dictaron a solicitud del obligado tributario, Erginedom, que instó la ejecución de la resolución del TEAR de 21 de abril de 2011, en paralelo a la tramitación del recuro de alzada formulado ante el TEAC.

6. En definitiva, la potestad que la jurisprudencia del Tribunal Supremo reconoce a la Administración tributaria para reiterar una liquidación tras una estimación total por razones sustantivas, permite rectificar los errores cometidos en la primera liquidación tramitando un nuevo procedimiento de comprobación e investigación para dictar un nuevo acto ajustado a derecho mientras su potestad esté viva.

Segunda cuestión de interés casacional. Principio de conservación de actos y trámites no afectados por la causa de anulación.

La segunda cuestión de interés casacional versa sobre el principio de conservación de actos y trámites previsto en los artículos 51 de la Ley 39/2015, de 1 de octubre, de Procedimiento Administrativo Común de las Administraciones Públicas y 66.3 del Real Decreto 520/2005, de 13 de mayo, por el que se aprueba el Reglamento general de desarrollo de la Ley 58/2003, de 17 de diciembre, General Tributaria, en materia de revisión en vía administrativa.

Alega la recurrente la infracción de los citados preceptos, que fundamenta en que el principio de conservación de actos y trámites invocado por la sentencia recurrida no resulta aplicable en casos como el que nos ocupa, pues "[...] i) el acto supuestamente conservado (el informe de la DCGC) resultó incontrovertidamente afectado por la causa que determinó la anulación de las liquidaciones que lo incorporaron (la 2ª y la 3ª liquidación), al ser esta la razón de ser de la retroacción de actuaciones anulada; y ii) el órgano administrativo de revisión que anuló las actuaciones (en este caso, el TEAC) no dispuso la conservación de ningún acto o trámite realizado en el seno de un procedimiento equivocadamente retrotraído".

Partiendo, como se ha expuesto, de que el nuevo procedimiento que se tramite para dictar un nuevo acto ajustado a derecho tiene como límites, de acuerdo con la doctrina de esta Sala, la prescripción, la reformatio in peius y la reincidencia o contumacia de la Administración en el mismo error, que no han sido sobrepasados, resulta evidente que la Administración, en aplicación del principio general de conservación de actos y trámites previsto en el artículo 51 de la Ley 39/2015, y, en especial, del artículo 66.2 del RRVA, de aplicación preferente en materia tributaria, podrá incorporar en el nuevo procedimiento los actos y trámites no afectados por la causa de anulación.

En efecto, el artículo 66.2 del RRVA, aplicable a la ejecución de cualquier acto resolutorio de un procedimiento de revisión, entre los que se encuentran las reclamaciones económico administrativas, dispone que: "En la ejecución de las resoluciones serán de aplicación las normas sobre transmisibilidad, conversión de actos viciados, conservación de actos y trámites y convalidación previstas en las disposiciones generales de derecho administrativo", añadiendo en el apartado 3º que "cuando se resuelva sobre el fondo del asunto y en virtud de ello se anule total o parcialmente el acto impugnado, se conservarán los actos y trámites no afectados por la causa de anulación, con mantenimiento íntegro de su contenido". Eso es lo que, en esencia, ha ocurrido en el caso que se examina, al incorporar los diversos actos de trámite del anterior procedimiento no anulados y cuyo contenido se habría mantenido igual, de no anularse la primitiva liquidación, lo cual no significa que para la práctica de la nueva liquidación, no puedan tenerse en cuenta elementos probatorios distintos a los existentes, a fin de acreditar si en ese momento se cumplían los requisitos necesarios para la renuncia a la exención del IVA y subsanar el error de derecho producido.

No obstante, la queja de la recurrente se centra en el Informe emitido por la DCGC de la AEAT, el 9 de septiembre de 2011, con motivo de la retroacción acordada por el TEAR en su resolución de 21 de abril de 2011, al considerar que cualquier acuerdo que se dicte basándose en dicha información sería nulo.

Pues bien, tal y como expone el Abogado del Estado en su escrito de oposición a la casación, la decisión administrativa final objeto de este recurso no se fundamenta en el citado informe, y así lo expresa el acuerdo de liquidación de 12 de septiembre de 2016 -"[...] si bien el expediente incorpora la totalidad de documentos, la propuesta de regularización contenida en el Acta no se basa en aquellos que son reflejo de lo realizado con ocasión de la retroacción de actuaciones ordenada por el TEAR que fue anulada por el TEAC el 15 de diciembre de 2015, sino en otros elementos probatorios, que estimamos suficientes para efectuar dicha propuesta" (pag 21)-, lo que denota que si bien la documentación elaborada con motivo de la retroacción de actuaciones -informe de 9 de septiembre de 2011- figura en el expediente, sin embargo, no ha servido de fundamento para el acuerdo de liquidación.

Conforme a cuanto antecede, ni era necesario un acuerdo específico al respecto por parte del órgano que declara la anulación, ni ningún vicio de anulación se advierte por la incorporación en el nuevo procedimiento de los documentos que conforman el expediente electrónico para dictar el nuevo acto de liquidación, toda vez que se permite, en los supuestos de anulación total por razones de fondo, la conservación de los actos y trámites no afectados por la causa de anulación.

Tercera cuestión de interés casacional. Prescripción.

Alega la recurrente que la interpretación literal llevada a cabo por la Sala de instancia del art. 68.1 a) y b) LGT (que prevé que las actuaciones de la Administración tendentes a la liquidación y la interposición de recursos por parte del contribuyente interrumpen su derecho a liquidar), vulnera el principio de buena administración derivado de los artículos 9.3 y 103.1 de la CE, dado que la Administración "erró hasta tres veces al liquidar el IVA", por lo que, en ese contexto, y en aras a salvaguardar el derecho de los contribuyentes a una buena administración "[...] debería resultar de aplicación la jurisprudencia de ese TS que reconoce la improcedencia de conceder efectos interruptores de la prescripción a los recursos interpuestos por el obligado tributario para obtener una declaración de caducidad y, en aplicación de ese mismo criterio, negar aquí esos mismos efectos interruptores a todas las actuaciones referenciadas".

Entiende que la lógica que trasciende a esa jurisprudencia debe resultar aplicable "cuando se ha superado el plazo legalmente previsto para ejecutar la retroacción de las actuaciones inspectoras (incluso indebidamente ordenadas, como aquí sucedió), pues en ambos casos la Ley prevé que no se reconozcan efectos interruptores a todo lo actuado, habida cuenta además de la análoga literalidad de los arts. 104.5 y 150.2.a) LGT, en su redacción aplicable ratione temporis"

Pretende, en consecuencia, que se aplique la doctrina de esta Sala acerca de la improcedencia de conceder efectos interruptivos de la prescripción a los recursos interpuestos por el obligado tributario para obtener una declaración de caducidad ( SSTS de 19 de diciembre de 2013 y 12 de julio de 2016, entre otras), sobre la base de la previsión contenida en el artículo 104.5 LGT, que, en caso de producirse y declararse la caducidad, determina que las actuaciones realizadas en los procedimientos caducados no interrumpen el plazo de prescripción sin que pueda admitirse que sí lo haga el acto del obligado tributario que reacciona para lograr ese efecto.

Dicha alegación no puede ser compartida por esta Sala, pues con independencia de la distinta naturaleza de ambos institutos (caducidad y prescripción) y de que esta Sala ha advertido que esta posición jurisprudencial no afecta a su doctrina sobre la interrupción de la prescripción por los actos anulables [ SSTS de 14 de junio de 2012 (rec. núms. 6386/2009 y 5043/2009)], en las que se reafirmaba que "[...] La anulación de una comprobación de valores (como la de una liquidación) no deja sin efecto la interrupción del plazo de prescripción producida anteriormente por consecuencia de las actuaciones realizadas ante los Tribunales Económicos Administrativos", lo que es lógico si se tiene en cuenta que la anulabilidad deriva de los vicios del acto administrativo, mientras que la caducidad afecta al procedimiento produciendo su "desaparición" jurídica, pero no afecta al derecho sustantivo que se ejerce en dicho procedimiento, de tal forma que mientras no haya transcurrido el plazo de prescripción de ese derecho podrá iniciarse un nuevo procedimiento, es que, además, no concurre la premisa básica en la que funda su alegación, al no haberse superado el plazo de seis meses del artículo 150.5 de la LGT (actual artículo 150.7 LGT), toda vez que no ha existido un exceso en el cumplimiento de la resolución del TEAC de 17 de junio de 2014, determinante de la pérdida del efecto interruptivo de la prescripción.

En efecto, hay que partir, tal y como admite el Abogado del Estado, de que los actos de ejecución de la resolución del TEAR de 21 de abril de 2011, en la medida en que dicha resolución fue posteriormente anulada, no interrumpen la prescripción del derecho a liquidar. En consecuencia en lo que debemos fijarnos, a estos efectos, es en que la prescripción del derecho de la Administración a liquidar del artículo 68.1.b) de la LGT, en conexión con el artículo 66.a), quedó interrumpida desde el momento en que el primer acuerdo de liquidación de 20 de abril de 2009 fue objeto, primero, de reclamación económico administrativa ante el TEAR, que dictó resolución el 21 de abril de 2011 y continuó interrumpida con el recurso de alzada del obligado tributario y del Director del Departamento de Inspección de la AEAT ante el TEAC, habiéndose reanudado con la resolución final de este último de 17 de junio de 2014 que, como se ha expuesto, se ejecutó dentro del plazo de seis meses del artículo 150.5 LGT.

Posteriormente, la resolución del TEAC de 15 de diciembre de 2015 anuló la resolución del TEAR de 11 de diciembre de 2014, que resolvía sobre el acuerdo dictado en ejecución de la resolución de 21 de abril de 2011, ya anulada. De manera que, cuando en abril de 2016, se comunicó el inicio del procedimiento inspector, el derecho a liquidar del artículo 66.a) LGT, no había prescrito.

En definitiva, partiendo de que los actos de ejecución de la resolución del TEAR de 21 de abril de 2011, realizados a instancia del obligado tributario, no interrumpen la prescripción del derecho de la Administración a liquidar, en la medida en que dicha resolución fue posteriormente anulada, sin embargo, debe colegirse que existen otros actos de interrupción del plazo de prescripción como consecuencia de las actuaciones realizadas ante los Tribunales Económicos Administrativos -reclamación originaria contra el acuerdo de liquidación de 20 de abril de 2009, resuelta por el TEAR el 21 de abril de 2011 y resolución del TEAC de 17 de junio de 2014, dejando sin efecto la anterior- que hacen que no se haya superado el plazo de seis meses del artículo 150.5 de la LGT.

Cuarta cuestión de interés casacional. Prorrata especial.

Respecto de la última cuestión de interés casacional, la recurrente insiste en la procedencia de su renuncia a la exención del IVA con base en la aplicación de la regla de prorrata especial " que debió ser aplicada de oficio al ser el régimen que mejor se adapta al principio de neutralidad del IVA". Discrepa de la sentencia de instancia en tanto que, a su entender, obvia el principio de neutralidad del IVA, y por el hecho de " que CAJA DUERO manifestó expresamente que tenía derecho a la deducción plena del IVA devengado con la compraventa que nos ocupa, lo que era imposible de no haber optado, siquiera tácitamente, por la regla de la prorrata especial".

Entiende que, incluso, en supuestos en que el contribuyente haya optado expresamente por la prorrata general o tácitamente por la especial (por haber manifestado en escritura que tenía derecho a la plena deducibilidad del IVA soportado a efectos de la renuncia a la exención), la prorrata especial debería ser aplicada de oficio por la Administración, siempre que se compadezca mejor con el principio de neutralidad del IVA.

Tal y como expone el Abogado del Estado, son circunstancias relevantes a los efectos examinados, las siguientes:

-Nos hallamos ante una compraventa (segunda transmisión inmobiliaria) en la que se produjo una improcedente repercusión de IVA, toda vez que se ha acreditado que no cabía la renuncia a la exención del impuesto pues la entidad adquirente no tenía derecho a la deducción total del impuesto ( art. 20. Dos.2 LIVA).

-Así lo ha corroborado el Tribunal Supremo (Sala de lo Civil), en Sentencia de 11 de mayo de 2016 (Rec. Cas. nº 1021/2014), que concluye de forma terminante que la adquirente Caja Duero informó errónea y negligentemente a la aquí recurrente de que concurrían circunstancias distintas de las reales (esto es, que tenía derecho a la deducción total del impuesto cuando en verdad no era así), error que la propia entidad crediticia reconoció repetidamente en diversas instancias y que la Sala tilda de "inexcusable". La sentencia confirma el incumplimiento contractual por parte de Caja Duero y su responsabilidad frente a Erginedom, SL por todos los daños y perjuicios derivados de ello (el petitum de la demanda civil consistía en el reembolso por Caja Duero de la liquidación en su día practicada por la Inspección).

-El edificio objeto de controversia fue destinado por Caja Duero principalmente a su actividad crediticia (sujeta y exenta). Ese fue su destino previsto desde el primer momento, y también se ha comprobado que ha sido su destino efectivo: la reunión de sus servicios y la ubicación de la sede corporativa y la dirección de su Obra Social en Madrid. De forma secundaria, por subrogación en los contratos preexistentes, se afectó parcialmente al arrendamiento a terceros (actividad sujeta y no exenta). En esta segunda actividad, la entidad aplicaba la prorrata general (96%), conforme a lo que prescriben los artículos 103 y ss. LIVA. A la luz de la ley del impuesto, en este supuesto concreto no es posible la aplicación de la prorrata especial, por cuanto la actuación administrativa ha verificado que ni había optado por dicha regla ni cumplía los requisitos legales que imponen su aplicación ( núm. 1º y 2º del apartado Dos del art. 103 LIVA). Es más, incluso de haber optado por la prorrata especial, es un hecho no discutido que el inmueble adquirido no se destinó "exclusivamente a la realización de operaciones que originen el derecho a la deducción".

De acuerdo con el art. 106.Uno.1º LIVA, en la prorrata especial sólo pueden deducirse íntegramente aquellas cuotas soportadas en la adquisición de bienes utilizados en exclusiva en actividades sujetas al impuesto, lo que no es el caso. Por tanto, aun en el supuesto -meramente hipotético- de que esta Sala acogiera con carácter general la interpretación que la recurrente defiende, no se podría considerar que en la citada compraventa Caja Duero actuó como un sujeto pasivo en el ejercicio de sus actividades empresariales y con derecho a la deducción total del impuesto soportado por las correspondientes adquisiciones, por lo que la renuncia a la exención del IVA no resultaba posible y su repercusión era improcedente.

En suma, a la luz del expediente administrativo, se colige que el destino previsible y efectivo del inmueble fue su afectación principal a la realización de actividades sujetas y exentas, de manera que su adquisición en ningún caso (incluida la aplicación de la prorrata especial) hubiera podido dar derecho a Caja Duero a la deducción total del impuesto. De esta forma, tal como esgrime el Abogado del Estado "[...] una eventual aplicación de la regla de la prorrata especial en este caso ni se cohonesta mejor con el principio de neutralidad del IVA ni liberaría totalmente al empresario (aquí, Caja Duero) del IVA soportado en sus actividades económicas".

Restan por hacer dos precisiones. En primer término, que si bien la LIVA establece como sistema ordinario la prorrata general, ello no resulta incompatible con la Directiva del IVA, tal y como ha señalado el Tribunal Supremo en STS de 24 de febrero de 2011. En segundo lugar, la elección entre prorrata general y prorrata especial constituye una opción tributaria del sujeto pasivo, toda vez que reúne las notas fundamentales que, entre otras, la STS de 23 de febrero de 2023, rec. cas. 645/2023, refiere para delimitar las opciones tributarias, pues, en esencia, implica que se conceda por la norma tributaria una alternativa de elección entre regímenes jurídicos tributarios diferentes y excluyentes; en este caso, a efectos de determinar el sistema de deducción de las cuotas soportadas de IVA, la opción tributaria consiste en la elección entre la prorrata general y la prorrata especial. Pues bien, si en el caso examinado el obligado tributario (comprador del inmueble) optó por la prorrata general como sistema de deducción de las cuotas soportadas de IVA, no puede la Administración posteriormente obviar la opción tributaria ejercida, pues de otro modo, al objeto de comprobar el cumplimiento de los requisitos de la renuncia a la exención, dejaría, de facto, vacía de contenido dicha opción.

Lo expuesto nos conduce al rechazo de la infracción denunciada.

Respuesta a las cuestiones de interés casacional.

Con las consideraciones efectuadas en los fundamentos anteriores estamos en disposición de dar respuesta a las cuestiones de interés casacional, en los siguientes términos:

1. La potestad que la jurisprudencia del Tribunal Supremo reconoce a la Administración tributaria para reiterar una liquidación tras una estimación total por razones sustantivas, permite rectificar los errores cometidos en la primera liquidación tramitando un nuevo procedimiento de comprobación e investigación para dictar un nuevo acto ajustado a derecho mientras su potestad esté viva.

2. En el nuevo procedimiento que se inicie en aplicación de esa doctrina jurisprudencial, resulta de aplicación el principio de conservación de actos y trámites no afectados por la causa de anulación del acto anulado en el primer procedimiento, de acuerdo con el artículo 66.3 del Real Decreto 520/2005, de 13 de mayo, por el que se aprueba el Reglamento general de desarrollo de la Ley 58/2003, de 17 de diciembre, General Tributaria, en materia de revisión en vía administrativa, que concreta en el ámbito tributario las previsiones generales del artículo 51 de la Ley 39/2015, de 1 de octubre, de Procedimiento Administrativo Común de las Administraciones Públicas.

3. La excepción jurisprudencial al reconocimiento de efecto interruptivo a la interposición de reclamaciones o recursos de cualquier clase del artículo 68.1.b) de la Ley General Tributaria, en relación a la caducidad, no es trasladable a los supuestos de prescripción, dada su distinta naturaleza.

4. Atendiendo a las circunstancias del caso, en aplicación del artículo 17.5 de la Sexta Directiva del IVA, se determina que no debe aplicarse la prorrata especial por cuanto el adquirente no había optado por dicha regla ni cumplía los requisitos legales que impondrían su aplicación. Incluso de haber optado por la prorrata especial, se ha acreditado que el inmueble adquirido no se destinó exclusivamente a la realización de operaciones que originen el derecho a la deducción.

Resolución de las pretensiones deducidas en el proceso.

A la luz de los anteriores criterios interpretativos, no procede acoger las pretensiones articuladas por la parte recurrente en este recurso de casación, debiendo confirmarse la sentencia de instancia.

Pronunciamiento sobre costas.

En virtud de lo dispuesto en el artículo 93.4 LJCA, no procede declaración expresa de condena a las costas del recurso de casación, al no apreciarse mala fe o temeridad en la conducta procesal de ninguna de las partes.

Fijar los criterios interpretativos expresados en el fundamento jurídico séptimo de esta sentencia.

Segundo. No haber lugar al recurso de casación interpuesto por el procurador don Jacobo Gandarillas Martos, en representación de la mercantil ERGINEDOM, SL, contra la sentencia dictada el 25 de mayo de 2022 por la Sección Quinta de la Sala de lo Contencioso-Administrativo de la Audiencia Nacional, en el recurso núm. 887/2020.

Tercero. No hacer imposición de las costas procesales de esta casación.

Notifíquese esta resolución a las partes e insértese en la colección legislativa.

Así se acuerda y firma.